經濟部水利署針對湖山水庫被環保署開罰50萬，該署喊冤指出該工程係榮獲優良環保工程，執行單位中水局亦認為是認知有「異」，將依程序申覆。 經濟部水利署表示：經多年規劃並經方案比較後，計畫於斗六丘陵西麓闢建湖山水庫，由清水溪引入豐水期餘水蓄存，以提供枯水期供水。 預估完工後，與集集共同引水工程聯合運用，每日可供水約69.4萬噸，為雲林地區提供質優量穩之地表水源，除可作為民生用水之替代水源以減抽地下水，緩和地層下陷及提升民生用水品質外，剩餘水量亦可提供區域發展用水，提高產業投資意願。 中水局表示，湖山水庫工程目前已進行聯外道路、導水隧道及大壩等相關工程，同時為確實掌握施工過程對鄰近環境之影響情形，該局於施工區域及週遭環境內設置12處之空氣品質監測站，並定期進行監測作業。 92年間進行2次施工前背景監測，並自93年4月起持續進行施工中之環境監測，執行至今測得結果空氣品質皆符合標準，顯示施工期間為因應開挖面裸露，皆適時採取之減輕對策，執行結果已見其功效。 該局長曹華平表示，除加強環境維護外，並依據環保署核備之生態保育措施之內容，正積極逐步落實執行。 在植物保育部分，主要是保存湖山地區原生樹種、作為增加補償性棲地中闊葉林比例的小苗來源、綠美化及生態解說為目的，移植對象包括大樹、小苗、灌木、稀有植物等，至97年7月底止已移植之大小樹木共計2,100棵，移植後之生長情況良好。 至於稀特有植物圓葉布勒德藤，目前在現有生育地均予以警示帶標示，以提醒施工單位注意且避免破壞，後續並將於工程施做前先移植到假植區網室內撫育，再移植至水庫淹沒區外合適的地點進行復育。 曹華平表示，大壩工程土方作業原則為挖填平衡，基於大壩安全之需要，壩基填築過程中本應扣除不適用之有機材料，目前大壩工程對於工區內地表有施工部份，如其裸露面係表土或土壤，則在其完成面施以植草綠化，未完成面由於尚須施作，在不影響施工情況下，儘量覆蓋黑網以保護坡面穩定。 有關環保署所指違反環評報告開挖面裸露未予覆蓋植生一節，與實務大壩工程作業程序有落差，中水局將依程序向環保署申覆說明，並就現地作業與監測成果檢討妥適措施，必要時納入差異分析報告。 水利署表示，湖山水庫施工迄今無論生態保育施工防災減災都有顯著成效，以積極的態度面對從未經歷的困難，以樹為重大工程建設與保育並重為目標，盡力達到生態保育及水資源永續經營之願景，期待社會各界的支持與鼓勵。