馬英九總統宣誓就職後，立即簽署就任總統後第一份人事命令。除任命劉兆玄為行政院長、詹春柏為總統府秘書長、蘇起為國家安全會議秘書長外，馬總統隨後並擔任監誓人，主持劉兆玄、詹春柏與蘇起的宣誓儀式。 總統府說，簽署任命令及宣誓儀式都在總統府大禮堂舉行，來台參加我國新任總統、副總統就職活動的友邦國王、總統、總督、總理、特使團，以及蕭副總統萬長、立法院長王金平、司法院長賴英照、考試院長姚嘉文等我國政府首長也在場觀禮。 在三人的宣誓儀式結束後，總統也在同一場地，立即簽署行政院長劉兆玄所提行政院副院長與各部會首長人事任令。且再以監誓人身分主持行政院副院長、國史館館長以及行政院各部會首長宣誓儀式。 總統府、國家安全會議新舊任秘書長及國史館館長交接典禮在總統府虹廳舉行，副總統蕭萬長負責監交。總統府原任秘書長陳唐山將印信交給新任秘書長詹春柏，國家安全會議原任代理秘書長陳忠信將印信交給新任秘書長蘇起，國史館原任館長張炎憲將印信交給新任館長林滿紅。 前來總統府觀禮的友邦國王、總統、總督、總理、特使與慶賀團名單為：史瓦濟蘭王國國王恩史瓦帝（King Mswati III）暨王妃、布吉納法索共和國總統龔保雷（Blaise Compaore）伉儷、薩爾瓦多共和國總統薩卡（Elías Antonio Saca）伉儷、宏都拉斯共和國總統賽拉亞（José Manuel Zelaya Rosales）、吉里巴斯共和國總統湯安諾（Anote Tong）伉儷、馬紹爾群島共和國總統湯敏彥（Litokwa Tomeing）伉儷、諾魯共和國總統史蒂芬（Marcus Stephen）伉儷、帛琉共和國總統雷蒙傑索（Tommy E. Remengesau）伉儷、聖多美普林西比共和國總統梅尼士（Fradique Bandeira Melo de Menezes）、聖克里斯多福及尼維斯總督佘培勳（Cuthbert Montraville Sebastian）、聖文森及格瑞那丁總督柏朗泰（Frederick Ballantyne）伉儷、貝里斯總理巴洛（Dean O. Barrow）伉儷、索羅門群島總理西庫瓦（Derek Sikua）伉儷、吐瓦魯總理葉雷米亞（Apisai Ielemia）伉儷、瓜地馬拉共和國副總統艾斯巴達（Rafael Espada）、尼加拉瓜共和國副總統莫拉雷斯（Jamie Morales Carazo）伉儷、巴拿馬共和國副總統阿羅賽梅納（Rubén Arosemena Valdéz）伉儷、甘比亞共和國副總統賈莎迪（Aja Isatou Njie Saidy）、海地共和國特使龍向（Fritz Longchamp）、巴拉圭共和國特使羅梅洛（Alfonso Romero Correa）伉儷、多明尼加共和國特使馬丁尼斯（Eddy Martinez Manzueta）、教廷駐菲律賓大使亞當斯（Edward Joseph Adams）、美國特使團卡德（Andrew H. Card）特使、日本特使團平沼赳夫特使（Hiranuma Takeo）、新加坡特使團陳慶炎（Tony Tan Keng Yam）特使伉儷、尼加拉瓜共和國參議長努內斯（René Núnez Téllez）、布吉納法索共和國外交部長巴索雷（Djibrill Yipènè Bassole）、薩爾瓦多共和國外交部長艾葵達（Marisol Argueta de Barillas）、馬紹爾群島共和國外交部長迪布倫（Tony deBrum）、諾魯共和國外交暨貿易部長貴桂（Kieren Keke）、帛琉共和國國務部長徐慕（Temmy Shmull）、聖多美普林西比共和國外交部長貝格諾（Ovídio Barbosa Pequeno）、史瓦濟蘭王國外交部長馬田德列（Mathendele M. Dlamini）、布吉納法索共和國大使沙瓦多哥（Jacques Sawadogo）、薩爾瓦多共和國大使尚塔那（Frandisco R. Santana Berrios）、宏都拉斯共和國大使畢耶菈（Marlene Villela de Talbot）、索羅門群島大使基諾（Beraki Jino）、巴拉圭共和國大使帝雷盟（Ramón Diaz Pereira）、聖多美普林西比民主共和國大使戴爾梅達（Ladislau D’Almeida）、巴拿馬共和國大使莫新度（Julio Mock Cardenas）、多明尼加共和國大使桑契斯（Victor Manuel Sanchez Pena）、史瓦濟蘭王國大使桂布（Njabuliso Busisiwe Gwebu）、甘比亞共和國大使朱瓦拉（Mawdo Corajiki Juwara）、諾魯共和國大使柯克（Mudwig Downg Kek）、尼加拉瓜大使達比亞（William Tapia Alemán）、瓜地馬拉大使艾斯比諾沙（Héctor Iván Espinoza Farfán）、教廷代辦安博思（Ambrose Madtha）、貝里斯代辦嘉士柏‧肯（Gaspar Rodrigo Ken）、聖克里斯多福及尼維斯代辦哈菁絲（Jasmine Elise Huggins）、馬紹爾群島共和國代辦山森（Biuma J. Samson）、海地共和國代辦舒祿德（Mario Chouloute）、美國特使團國際共和黨協會法倫可夫（Frank J. Fahrenkopf）先生、前麻州副州長希利（Kerry Healey）女士、美國在台協會主席薄瑞光（Raymond Burghardt）、美國在台協會台北辦事處處長楊甦棣（Stephen M. Young）、日本特使團眾議員藤井裕久（Fujii Hirohisa）、眾議員坂本剛二（Sakamoto Goji）、交流協會理事長高橋雅二（Takahashi Masaji）、交流協會台北事務所代表池田維（Ikeda Tadashi）、東京都知事石原慎太郎（Ishihara Shintaro）、橫濱市市長中田宏（Nakada Hiroshi）、新加坡特使團駐台北商務辦事處代表羅家良（Stanley Loh）、加拿大特使團聯邦眾議員柯任波（Daryl Kramp）伉儷、聯邦眾議員范克思（Dave Van Kesteren）、駐台北貿易辦事處代表孟貫中(Ronald MacIntosh)。 新任行政院與各部會首長名單為： 行政院副院長兼行政院消費者保護委員會主任委員邱正雄、國史館長林滿紅、內政部長廖了以、外交部長歐鴻鍊、國防部長陳肇敏、財政部長李述德、教育部長鄭瑞城、法務部長王清峰、經濟部長尹啟銘、交通部長毛治國、蒙藏委員會委員長高思博、僑務委員會委員長吳英毅、行政院政務委員兼臺灣省政府主席蔡勳雄、行政院政務委員曾志朗、行政院政務委員張進福、行政院政務委員朱雲鵬、行政院政務委員兼行政院公共工程委員會主任委員范良銹、行政院政務委員兼行政院經濟建設委員會主任委員陳添枝、行政院秘書長兼福建省政府主席薛香川、行政院文化建設委員會主任委員黃碧端、行政院國家科學委員會主任委員李羅權、行政院大陸委員會主任委員賴幸媛、行政院國軍退除役官兵輔導委員會主任委員高華柱、行政院主計處主計長石素梅、行政院農業委員會主任委員陳武雄、行政院勞工委員會主任委員王如玄、行政院研究發展考核委員會主任委員江宜樺、行政院原子能委員會主任委員蔡春鴻、行政院人事行政局局長陳清秀、行政院新聞局局長史亞平、行政院衛生署署長林芳郁、行政院環境保護署署長沈世宏、行政院海岸巡防署署長王進旺、行政院青年輔導委員會主任委員王昱婷、國立故宮博物院院長周功鑫、行政院原住民族委員會主任委員章仁香、行政院體育委員會主任委員戴遐齡、行政院客家委員會主任委員黃玉振。 圖說：馬英九就職後簽發第一份人事命令。