全國新增本土55例，境外1例，雲縣無新增確診個案，本土累積確診21例，其中已有19人治癒解除隔離，尚有2人於若瑟醫院及中國醫藥大學北港附設醫院接受治療。縣長張麗善表示，根據衛生局統計資料，截至6/29止，已有5萬多人完成第一劑AZ疫苗接種、2千多人完成第一劑莫德納疫苗接種。為使鄉親獲得最大免疫保護力，呼籲5/9前已完成第一劑AZ疫苗接種者，可於接種後第10至12週公費接種第二劑，並可優先於原接種醫院或透過各醫療院所進行預約。
衛生局說明，指揮中心於6/26公告各縣市莫德納疫苗第一階段分配數量，第一梯次將獲配1萬6,800劑，於7/1起開放第1類至第8類對象接種以及莫德納疫苗的第二劑接種。縣府7/2將於各鄉鎮市展開第4波COVID-19疫苗快打，接種對象以75歲以上長者優先，同步於早上9時開打，有餘量將會向下調整施打年齡層，請75歲以上長者踴躍前往。
縣長張麗善強調，因應印度變異株(Delta)的高度傳播性及對風險族群容易造成重症或死亡，指揮中心於6/27起全面提升邊境檢疫措施，入境旅客一律入住防疫旅館或集中檢疫所，不可在家居家檢疫。此外，縣府也規劃六大防線，持續針對確診個案落實疫調，擴大匡列接觸者並安排採檢。
衛生局說明，自重點高風險國家返台者，一律入住集中檢疫所，且須於入住及檢疫期滿時分別進行1次PCR篩檢；非重點高風險國家的入境旅客，也應入住防疫旅館，或自費入住集中檢疫所，並須於檢疫期滿前進行1次PCR檢測。
衛生局長曾春美表示，防疫旅館房間數共計168間，目前已入住有25房，使用率15%，量能充足，提供有入住需求之鄉親安心度過檢疫期間，每日收費2,500至2,700元(含三餐)；本縣集中檢疫所已完成整備，房間數共計42間，目前尚無人申請入住，為因應社區COVID-19抗原篩檢服務需求，於林內鄉、古坑鄉、土庫鎮、二崙鄉、麥寮鄉和水林鄉等六處衛生所，設置定點、定時檢疫亭，預計自7月起每週提供快篩服務，以期主動且有效斷絕所有傳播鏈。
臺大雲林分院感染科林綺英主任說明，新冠病毒主要有4種變異株，分別為英國、南非、巴西及印度變異株，其中國內出現的英國變異株(Alpha)和印度變異株(Delta)在感染後的症狀有部分差異，以發燒、咳嗽與喉嚨痛為最主要症狀；在家戶傳播率上，印度變異株(Delta)12%比英國變異株(Alpha)8.6%還要高；疫苗對輕症的保護力上，英國變異株(Alpha)施打第一劑疫苗有49%到51%的保護力，施打第二劑有66%到93%的保護力，印度變異株(Delta)第一劑有33%的保護力，施打第二劑有60%到88%的保護力。
縣長張麗善強調，在疫情期間，全縣所有蔬果包裝業者，從蔬菜採收到包裝集貨過程都確實執行清潔消毒作業，縣府亦積極輔導加強相關防疫措施，所有業者皆須謹守防疫原則，雲林蔬果「零污染」，民眾請安心選購。
 張麗善表示，上週已完成批發市場、集貨場人員及往返北農果菜市場高風險族群(司機及助理員)的快篩作業，共完成快篩367人，篩檢結果均為陰性，並針對快篩陰性有意願施打疫苗人員，即時施打疫苗，總計共有323人完成疫苗接種，預計於今天起，縣內各批發市場、屠宰場等相關從業人員2,843人(另貨運司機約40人正造冊中)將納入疫苗優先施打對象，請鄉親依通知時間盡速前往施打，以維持民生需求供應正常。
縣長張麗善表示，有關屏東印度變異株(Delta)群聚事件，一名租屋於二崙鄉的外籍移工曾與確診者的相關接觸者有過接觸，該名移工經PCR篩檢為陰性，6/27由救護車送往防疫旅館入住，6/28由移民署雲林專勤隊收容，進行隔離檢疫14天。針對該名移工的租屋屋主一家5人，經採檢亦皆為陰性。經過嚴謹疫調，針對相關足跡，除了租屋處及周遭環境緊急進行消毒外，更擴大完成二崙楊賢村全村清消。縣府為關心農業移工與失聯移工，將於二崙鄉農會果菜市場設置快篩站，請移工朋友前往果菜市場進行快篩，若無法前往，也可以撥打1955專線，有各國語言的專人會提供協助。 
縣長張麗善提醒，快篩陰性不代表沒有染病，如果有疑似發燒、乾咳、腹瀉或嗅覺、味覺喪失請盡快就醫，記得不可以搭乘大眾運輸工具，縣府印有中文、越南文、印尼文、英文和泰文等宣導資料供移工朋友參考，此外，也請海外返台鄉親務必配合入境檢疫措施，目前國內疫苗數量嚴重不足，尚未達群體免疫效果，大家仍須努力配合防疫，不能鬆懈，請鄉親持續落實疫情三級警戒規範，外出與工作均要全程佩戴口罩。