海巡署偵防分署嘉義查緝隊積極情蒐，報請雲林地方檢察署段可芳檢察官指揮偵辦後，即召集相關單位成立專案小組展開佈偵，並跨分署整合查緝隊、海巡隊及岸巡隊等查緝能量，與雲林查緝隊、艦隊分署高雄海巡隊、南部分署第五岸巡隊共同偵辦。
110年6月6日清晨會同艦隊分署中部地區機動海巡隊、第三、第四、第十三海巡隊、澎湖查緝隊、北門、臺南、高雄、鳳山、屏東、臺東查緝隊、中部分署第四岸巡隊、南部分署第十一岸巡隊、高雄港務警察總隊、財政部關務署高雄關、嘉縣警察局刑事警察大隊偵ㄧ隊、雲縣警察局虎尾分局、移民署國境事務大隊高雄港國境事務隊及高雄市、嘉義縣、基隆市、臺南市、南投縣等政府財政局菸酒管理科等單位，持高雄地方法院核發搜索票，由專案小組人員與艦隊分署高雄海巡隊巡防艇，於臺南市安平外海登檢「勝○號」貨輪，初步檢視該船船艙後，發現大量菸品，遂將涉案人及船艦帶案偵辦。
偵辦因適逢國內防疫時處三級警戒期間，依據衛生福利部中央疫情指揮中心(CDC)防疫指引，為防疫優先考量，5名入境船員先行隔離14日，另依檢察官指示將涉案「勝○號」貨輪停泊海巡署高雄海巡隊碼頭，案經14日隔離期滿，於至高雄港第十號碼頭實施查艙，經數百人接力搬運，克服陣雨的惡劣天氣考驗，起獲巨額走私菸品，數量高達9,946箱(共計497萬3,409包)，所查獲之私菸數量為高雄港百年開港以來，高居第二多之案件，以每包菸稅51.8元計算，若走私成功，保守估計國庫將減少2.5億餘元稅收。
私梟集團看準連假期間菸品需求上升，趁彩雲颱風席捲來臺及防疫第三級警戒時，誤以為我海巡單位人員無暇顧及其他防務，竟試圖從海外走私大量私菸，趁機獲取暴利。所幸經專案小組不畏艱難，在風雨交加及疫情嚴峻考驗下，仍戮力從公、抽絲剝繭，破解該集團運作模式，不畏海象惡劣之風險，勇於堅守岡位，鍥而不捨而順利偵破本案。
將依違反菸酒管理法移送雲林地方檢察署與函送高雄市政府裁罰，並積極防堵走私入境，維護海防邊境之安全。在此呼籲社會大眾，來路不明或廉價私菸有可能參雜不明化學物質吸入恐將傷身，如發現走私不法行為，請撥打海巡「118」免付費報案專線通報，共同維護國境安全、社會安定，創造祥和健康環境。
另、為因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情發展及防疫措施，依據衛生福利部中央疫情指揮中心(CDC)防疫指引，及臺灣雲林地方檢察署「防疫優先原則」，期間執法人員每日均量測2次體溫並全程佩戴口罩，在辦案同時亦貫徹防疫。