金門縣海灘經常堆置大量大陸海漂垃圾、病死豬、醫療廢棄物等等，污染金門縣海域，影響到環境生態及海域觀光發展，經環保局統計，每年清理海灘垃圾超過八百公噸以上，讓清潔人員疲於奔命，但僅能治標，不能治本，且中央補助款不足，縣府負擔困難。六月二十七日行政院秘書長薛香川抵金視察時，縣府就曾建請中央寬列補助經費協助清除，並能透過協商管道與大陸協商妥善解決。 縣府指出，金門縣地處九龍江口、緊鄰廈門灣，每因大雨、海流及潮汐，大量之大陸垃圾，經海流入侵金門縣海岸，因本縣海岸線長達89.95公里，現有清潔人力有限，常因清理不及，影響環境觀瞻及觀光發展。 環保署補助本縣淨灘經費有逐年下降之趨勢，95年補助400萬元、96年補助297.9萬元、97年僅補助159.4萬元，補助經費明顯無法支應海岸清理所需費用。建請協調環保署能寬列補助經費。 近聞大陸方面已著手實施金廈海域垃圾治理方案，但相關成效尚未顯現，建請透過兩岸協商機制，呼籲大陸方面能積極落實。 金門地理位置位於中國大陸九龍江口，與廈門市隔海相對，每年農曆四月至八月間吹起的西南季風，連帶的把中國大陸廈門的海上垃圾吹到金門來，包括瓶瓶罐罐的醫療廢棄物、死豬、死狗等動物屍體，以及數以萬噸的垃圾，嚴重污染金門海灘景觀，並發出陣陣惡臭，讓居民擔心會引發傳染病。 環保局指出，金門縣緊鄰大陸地區，對岸垃圾經常隨著暴雨流入河川大海，污染金門縣海域，有礙居民經濟活動及觀光發展，經統計每年清理海灘垃圾達八百公噸以上，讓清潔人員疲於奔命，但僅能治標，不能治本，且中央補助款不足，縣府負擔困難，帶給金門很大的困擾，建請中央正視，協助處理，以解決金門海域漂流來自大陸的垃圾環保大問題，讓金門海岸保持清淨的面貌。