我國赴菲調查團在菲談判破局，調查團返台前，在駐菲代表處召開國際記者會，身為團長之一的法務部國際及兩岸法律司長陳文琪痛批菲方：「傲慢」、「毫無誠信」、「令人憤慨與不滿」，本承諾與我方共同調查，卻又以傲慢做法遲延反覆，造成我方大批人力虛耗。 法務部政次陳明堂表示，調查團要的是「還原真相」，與菲聯合調查尚未破局，但沒有具體計畫前不可能再赴菲。他說，菲國尚未向我方申請司法互助，就算有，基於平等互惠原則，也不同意對方來台取證。 陳文琪說，調查團出發前，兩次出具司法互助請求書，由外交部轉送菲方，請求菲方協助調查證據、訊問被告及提供調查報告，菲國駐台代表白熙禮也公開表示將與我方共同調查。 陳文琪在記者會現場出示白熙禮送交我方的菲國信函，皆明白及公開表示菲國將與我方共同調查，不料聯合調查仍破局。 陳文琪表示，菲方公務船掃射廣大興廿八號漁船，「有殺人故意」，「此行徑絕非文明國家所為」，「相信菲國政府也不樂見其他國家對菲國人民有此行為。 菲聲稱我被害漁民是「壞人」，就應拿出證據，不應惡意指責，如提不出證據，就是有意掩飾錯誤行為。 在公務船執法程序上，陳文琪認為菲國公務船完全忽視且違反國際法慣例，未踐行警告、驅離、登臨、檢查、扣船等程序，就開槍掃射我漁船，我漁船並無明顯撞擊痕跡，排除菲國公務船自衛開槍；至於案發地點海域，依「廣」船航程記錄器顯示，仍為我國經濟海域，並未侵入菲國領海。 對於調查程序，陳文琪表示，菲國媒體引述官方報導，與我國調查有出入，可見台菲應共同組成調查小組查明真相，履行司法互助，不容刻意掩蓋事實真相，我方也歡迎菲方派人來台灣合作調查。 她說，在犯罪實體上，「廣」船遭擊中四十五發入口彈痕，又多朝船員機艙掃射開槍，明顯有殺人故意。至於行兇的彈頭，我方鑑定為口徑七點六二厘米彈頭，應以Ｍ十四步槍、Ｍ二四○及Ｍ六○機槍可能性較大，而菲律賓國家調查局前天在記者會現場，展示十五把疑似行兇槍枝，包括Ｍ十四、Ｍ十六及白朗寧機槍，部分槍枝與我方鑑定槍枝種類吻合。