雲林縣政府表示，漁業署日前召開「專用漁業權工作小組第21次會議」，其中審查雲林縣專用漁業權，縣長指派副縣長施克和、農業處長呂政璋及漁業科長陳炳坊前往台北參與審查會議。 雲林縣府於會議中表示，漁業權的劃設必須以漁民權益為優先；且應雲林縣沿海全區劃設，而不是現行漁業署所公告區域，如此才能對漁民有所幫助。 強調雲林沿海因為在早年(80年初)的六輕開發案，工業區相繼劃設麥寮、新興、四湖工業區等，而致使漁業權至今無法劃設，又因工業區劃設但未開發阻礙了漁業權的劃設，而讓雲林成為全台灣少數未劃設漁業權的縣市，造成沿海漁民的權益損失。 雲林縣府表示，在88風災中對雲林的台西、四湖、口湖造成損失高達近7000多萬元，因無漁業權使得三個公所無法對漁民實施補償。 又指出行政院祕書長在100年12月27日所召開的會議未邀請雲林縣政府，也表達不妥，並建議日後討論漁業權必須邀請雲林縣政府參加，目前雲林沿海都被中油公司給劃入礦物權申請範圍，又有工業區劃設但未開發，如果沒有排他性可以先以共存的方式先行劃設專用漁業權，不能因有礦物權及工業區劃設導致無法讓漁民擁有漁業權，如此對雲林縣漁民非常的不公平。 農業處長呂政璋，在會議中亦提出因台西、四湖、口湖無漁業權，88風災造成漁民的損失，卻無法補償，希望以漁民的權益為依歸，而不要因怕補償而本末倒置。 行政院農業委員會101年5月15日函表示，礦業權分為礦業權之設定及取得礦業用地兩階申請程序；目前只有設定，礦物局主張：第一階段不排他原則與漁業權共存；第二階段若取得就具排他性和獨占性，與漁業權產生競合關係。 若漁業權先取得，往後相關單位若要開發，就需合理補償。且表示應以雲林縣麥寮、台西、四湖、口湖鄉鎮沿岸區域全區劃設，並以濁水溪中線為主，提供「雲林沿岸海域專用漁業權漁業整體計畫示意圖」與100年9月8月公告有差異，口湖鄉區塊減少。 呂政璋說，漁業權的劃設應是全區劃設，因總統、副總統及祕書長均特別關心；而在祕書長會議有特別針對工業區劃設，對漁業權影響與否進行討論，而經濟部工業局函縣府也說明工業區的劃設不影響漁業權;因此四湖工業區若未開發且未影響漁業權的情形下，希望以漁民的權益為優先。