台南市政府表示，台南市議員陳文科(22)日於定期大會總質詢時，針對台南的水患整治問題表示關心，台南市長賴清德回應，各局處及區公所各項防汛措施從3月就開始著手進行，而治水為台南市政最優先貫徹的工作，絕無卸責之意，期盼中央能與地方攜手完成。 賴清德表示，這一次雨災對永康、歸仁、仁德等3個地區影響甚鉅，最主要因素是三爺宮溪流域水位高漲所造成，而三爺宮溪隸屬中央管轄，許多防汛工程已施做中，但尚未完成，但賴清德也強調，治水議題不應政治化，更不該淪為口水戰，唯有中央與地方合作共同面對，並將各自權責範圍內的工作做好，方能有效防止水患發生，而屬台南市府該做的部分，也絕不會推辭。 另一方面，新聞及國際關係處陳宗彥處長也說明，5月19日當日下午市長人雖在台北，但各項防汛措施早於3月啟動，並未對防災事宜有所鬆懈，19日各相關局處首長皆戰戰兢兢堅守崗位，隨時掌握氣候的變化回報予市長，而市長也於當日晚間即回到台南市並指示相關防災事項，20日7時起便到各地區進行勘查，此次最大雨量發生在20日清晨4時，消防局於4時8分即出動，台南市政府於5時30分即開設緊急應變中心，積極處置作為，解決問題。 陳宗彥表示，全台灣易淹水地區有三分之一分布在台南，賴清德上任後，即把治水問題，列做重大市政項目，絕不推諉責任，但就治水權責上，很多是需要透過中央預算的支持，二仁溪等多條河川也屬於中央管河川，關於中央8年800億的治水計劃，並無法將現有的淹水問題徹底解決，台南市仍有500億治水預算的缺口，另外在台南市合併升格後，關於財政分配並沒有達到一個直轄市該有的規模，因此治水問題成了一個沉重的財政負擔，賴清德也因而在幾次重要場合中，包括行政院院會，只要有機會就會不斷向中央爭取補助，同時也希望中央能與台南市府並肩合作，共同解決水患問題。 長久以來的水患問題，需要時間與預算去解決，但在中央預算尚未定案前，市府團隊並非就此擱置不理，目前已由水利局詳細規劃出一套應急方案，先就具急迫性與能立即見效的部分，分別在101年度、102年度共編列16億元的預算，進行應急工程的施作，以最少的時間、最大額度的預算，讓有迫切淹水問題的地區，能解除危害。