農業試驗所表示，該所研擬一套病蟲害整合性管理技術，包括利用栽培管理及所研發非農藥防治病蟲害製劑，對於果實疫病之防治效果甚至優於化學農藥之防治效果。 農試所表示，木瓜病蟲害常會對產量與品質造成影響，重要的病害有危害果實的炭疽病與蒂腐病，危害幼苗與新葉的白粉病；危害幼苗與果實的疫病（水傷），而重要的蟲害則有葉類（紅蜘蛛）危害。 農民一般以化學農藥防治這些病蟲害，惟木瓜為連續性採收水果，採果前若施用化學農藥，容易造成農藥殘留問題。 也因此，該所研擬一套病蟲害整合性管理技術，包括利用栽培管理及所研發非農藥防治病蟲害製劑。 其病蟲害整合性管理策略為：清園：園區內、外圍四週的雜草須清除乾淨，園內不可留有殘枝、葉、花及果等給病蟲源可能棲息或生長繁衍的場所。 網室栽培：選擇排水良好的土壤，作高畦並覆蓋防草蓆。健康種苗：慎選無病毒與病蟲害之健康種苗。監測：定植後每週確實調查病、蟲之發生種類與數量，以掌握適當的防治方法與時機。 在病害管理方面，特別要注意木瓜苗期可能發生的白粉病、生長期的白粉病及根腐病、開花及結果期的疫病、炭疽病與蒂腐病。蟲害管理，則應監測害（紅蜘蛛）的發生密度。 農藥防治方法：木瓜種植期間於雨季來臨前每週施用1次亞磷酸，連續使用3次，以防治疫病之發生；白粉病發生初期以乳化葵花油200至500倍施用，利用「4-4式波爾多液」則可防治細菌及真菌性病害。若發現害密度達平均每葉10隻以上時，先噴施「植物油混方-M」將密度壓低。 農試所說，該所研擬建立的木瓜病蟲害防治標準作業流程，經測試對於木瓜之白粉病、炭疽病、蒂腐病及葉類之防治效果相同於農民使用之慣行化學農藥防治，對於果實疫病之防治效果甚至優於化學農藥之防治效果。 該作業流程所使用之防治資材成本較化學農藥便宜且天然，期能藉由生態平衡的耕作理念，充分利用各種栽培管理措施及非農藥防治方法，生產無農藥殘留的高級農產品，以達成發展健康與安全農業的目的，並維護生態之平衡。