行政院於莫拉克災後7天成立重建會，並以無縫銜接方式，於98年9月12日自八軍團辦公室移至位在高雄市的行政院南部聯合辦公大樓運作，在馬總統及吳院長督導下，負責災區第一線全力投入災後重建。重建會編制僅60位同仁，係由中央各部會徵調，專職駐辦服務，許多重建同仁均是由北部、中部遠離家庭之同事。和921大地震災後重建會近250餘位同仁相比，規模大幅減少，但面積近達半個台灣的莫拉克颱風災區卻遠比以南投縣、台中縣為核心之921大地震範圍更大，且多屬偏遠高山地區。 依據重建特別條例，重建會負責重建事項之決策、協調、審核、推動及監督，因此，重建會得協調整合各中央部會、11縣市政府 (7個主要縣市)、各鄉鎮區里、各地區自救會及重建會、NGO團體、各中央地方民代表，乃至災民個人，重建會辦公室都是敞開大門，擔任第一線尖兵服務角色。重建會啟動以來，已赴總統府做過6次簡報，在行政院院會專案報告15次，另由行政院院長親自主持25次委員會、執行長主持36次工作小組會議，而總統、院長、執行長、副執行長關心災區視察工地，其頻繁及次數就難以計算了。重建會同仁們跑遍最深遠山區的嘉義阿里山鄉里佳村、來吉村、台東縣利稻村、高雄市桃源區梅山里、那瑪夏達卡努瓦里、屏東縣霧台鄉阿禮村、高士村，為各地區災民服務，召開無數次之整合協調會議，從道路不通難行而搭直昇機，再行經危險崎嶇難行之山區道路，遇到無數抗爭，也見證了南台灣秀麗山水，自然力量之可畏，結交了眾多原住民朋友。每次颱風或暴雨來臨，同仁們更是為加強整備，關心注意各項重建工作能否確實運作，災民災區是否安全而忙碌。 雖然辛苦，重建會同仁在沒有週休、經常加班、遠離家庭的情形下奔走各處，又得及時面對問題解決問題，就成為同仁們最大的挑戰，也是最好的學習與成長的機會。因此，吳院長就鼓勵重建會同仁，好好地把重建做好，歸建原單位後請各部會優先擢升。的確，人少事多事繁，要扛起上層政策要求及災民災區急切服務的壓力，又要達成高效率及品質要求，經過這樣的魔鬼訓練，深具服務愛心與熱忱，通過考驗的重建會同仁當然都是公務員一流的高手。 在災後滿2周年前夕，各項重建工作已漸上軌道，本會仍將依吳院長指示：「依3年重建目標，鎖緊螺絲，對八八水災重建工作，我們要自我要求，既快速又把工作任務圓滿達成」，力求如期如質達成任務。 各項持續重建工作重點： 家園重建方面，將以101年農曆年前完成全部基地為努力目標，加強永久屋基地及校園重建進度管控，持續營造彩虹永續社區。基礎建設工程部分，加強推動原民部落聯絡道路等工程，加強防洪保護，惟工程均有設計保護的上限，遇到超標的颱洪仍有致災之風險，應加強宣導民眾此一觀念，落實各項預警與避災撤離演練，將災損風險降至最低。產業重建部分，持續加速示範點等產業重建工作，配合災區旅遊宣傳推廣，活絡重建區經濟。