臺北市政府表示，北北基聯測引發部分考生高分低就的爭議，臺北市長郝龍斌今親上電台接受民眾扣應，詳細說明改分發的方式及決策過程，並強調參加二次基測考生的權益，絕對不會受到影響。郝龍斌也表示，採改分發的決定，完全本諸良心，沒有任何政治考量，也會承擔所有後果。 對於考生及家長高度關心改分發釋出的2千多個名額，是否會影響二次基測考生權益，郝龍斌特別說明，在簡章中並沒說所有名額都要回留，而且這次沒有登記入學的，本來就應該優先來解決在第一次基測分發不公平現象，等到這些補救措施完成後，登記分發委員會會再針對這些名額做評估。 郝龍斌進一步說明，經過估算，99年報考二次基測的人數為4萬多人，今年只剩6,500多人，依各級學校保留名額估算，考生只要跟第一次基測考試成績相近，志願都會往上提升。 郝龍斌以建中及北一女為例，兩校約錄取200多人，前三志願錄取人數接近400人，換算起來，前百分之五考生都能錄取明星學校，比第一次基測寬鬆很多，而且所有學校都會往上，因為二次基測報考人數比預估的少非常多，希望二次基測學生及家長，等看到考試成績，瞭解分發學校後，就能瞭解實際狀況。 對於許多家長反對續辦北北基聯測，臺北市政府表示會續辦下去的原因，郝龍斌解釋，過去二週以來，他密集的跟許多教育界學者、專家、國高中校長、基測實際執行專業人員以及家長們進行討論，瞭解各方的看法，由於北北基實施「一綱一本、自辦基測」已經三年，到今年才自辦基測，目前國中七、八年級生都是用一綱一本，要他（她）們將來參加全國基測，並不公平，因此對這些學生必須要負責，繼續舉辦。 至於是否有官員下台負責，郝龍斌重申，會在整個分發作業完成後，會仔細檢討行政疏失和行政責任。 媒體詢問不少民眾在臉書上反映，會有決定改分發這樣的轉折，是因為選票考量，對此郝龍斌表示，當他看到臉書及市長信箱中家長、考生陳情，十分心痛，他二週前即說過要有同理心，考生及家長經過這麼多的努力，如果因為行政疏失，造成他們權益受損，臺北市政府就應勇於承擔，負起責任，幫忙解決問題。 郝龍斌也直說，他的朋友都勸他不要這樣做（決定改分發），因為這樣做只會把事情變的更複雜，被質疑程度的更多，他做這個決定，完全沒有任何政治考量，完全本諸良心，也會承擔所有的後果。 對於部分考生已經報到、甚至已買制服、已繳學費的部份要如何處理，郝龍斌則建議考生及家長應該仔細的思考，是否對就讀的學校還有委屈、或是對高分低就還有不滿，再決定是否申請改分發，至於學費問題，他已要求教育局跟各級學校會商處理。