行政院重建會表示98年8月8日莫拉克颱風侵襲台灣中南部，其中在嘉義阿里山鄉山區降雨量高達2965釐米，打破台灣歷年來降雨紀錄，也因此嘉義縣災情最為嚴重，莫拉克特別預算在嘉義地區即高達157億元，其中補助由嘉義縣政府辦理之經費即有93.12億元，為各受災縣市經費之冠，中央對嘉義縣重建工作之協助不遺餘力，媒體報導原民會補助嘉義縣莫拉克重建經費幾乎打對折，經核對與實際有所出入，應與澄清，免生誤解。 行政院莫拉克災後重建推動委員會表示，中央原民會原核定嘉義縣17億9千餘萬元重建經費，居受災較重之5縣市之冠，南投縣最少，僅2億6千餘萬元，絕無獨厚南投縣之事；至於原核列定嘉義縣17億9千餘萬元重建經費，係部分工程實際設計後經工程會審查結果減省約三億元，尚非報載所稱重新核定為9.5億元。 重建會基礎建設處顏久榮處長指出，重建會特別重視嘉義縣各項重建工程，對嘉義縣曾文溪流域整治重建，特別邀集中央各單位包括交通部、經濟部水利署、農委會林務局、水保局召開公路橋樑、河川、山林坡地整合列管追蹤專案會議，對於嘉義原鄉地區亦分別前往現地勘查，邀集當地鄉長、村長、民意代表及鄉親檢討重建進度及需求，給予充分的協助，並對所有重建工程逐一列管推動，對於受災居民亦積極協助推動永久屋興建。 為了嘉義各項重建工作行政院重建會總共已召開85次的專案控管推動會議，除了基礎建設、家園重建外，推動產業重建更是竭盡心力，諸如達娜伊谷自然園區、里佳藍色部落均已分別在2月26日及4月2日啟動開園營運，目前更積極推動來吉產業、觀光，整合大阿里山整體觀光再現。重建會陳副執行長亦將於6月24日前召開阿里山整合推動第3 次會議，重建會推動嘉義縣地區重建工作可見竭盡心力不餘遺力。