屏東縣政府農業處表示，經由每年度珊瑚礁保育及環保團體進行珊瑚礁總體檢結果，讓民眾瞭解台灣珊瑚礁現況；屏東縣目前珊瑚礁分布主要在墾丁及小琉球二個地區，其中去年珊瑚礁總體檢指出屏東縣小琉球蛤板灣珊瑚總覆蓋率不及10％。 農業處表示，縣政府為深入瞭解小琉球珊瑚礁概況，已於99年9月份委託國立海洋生物博物館博士樊同雲，在小琉球東方的龍蝦洞、南方的厚石裙礁、西方蛤板灣及北方的美人洞等附近海域，利用全球定位系統、固定橫截線照相和珊瑚礁體檢的方式進行「小琉球海域珊瑚礁生態研究與保育、復育研究計畫」研究。 主要標的為：（1）進行小琉球沿海珊瑚礁最新和最完整的生態調查。（2）評估各地點珊瑚礁受人為活動影響情形。（3）進行珊瑚生態復育與改善試驗。101年度仍將持續該計畫進行。 農業處說，目前該項研究已完成期中報告，於厚石裙礁以硬珊瑚數量較多，平均覆蓋率達45.8％，其中表孔及葉片形珊瑚居多；而龍蝦洞、蛤板灣及美人洞的硬珊瑚平均覆蓋率在4.5-9.3％；另龍蝦洞及美人洞水深2-3公尺以下淺區則呈現軟珊瑚為優勢繁盛生長現象。 由於小琉球目前觀光旅遊業正急速興起，為保育該區珊瑚礁、海域休閒旅遊及漁業共存共榮，除已公告屏東縣海域禁止使用二層以上刺網、設置12名保育警察加強巡察及積極規劃當地污水處理場設置外，亦於99年度辦理3次海域珊瑚礁上廢棄漁網清除工作，並積極與琉球區漁會辦理相關刺網漁船收購事宜，並與當地公所、漁會、大鵬灣國家風景區管理處及當地保育與遊憩民間團體等單位定期檢討。 屏東縣政府並將依據調查結果與國內外珊瑚礁保育復育的現況與未來發展，提出適合小琉球海域珊瑚礁經營管理建議，辦理該海域珊瑚復育工作，以永續利用琉球地區寶貴的珊瑚礁生物資源。