近年來，在金門過冬的鸕鶿，最大數量都在五千隻以上。根據金門國家公園管理處委託中華民國國家公園學會所做的研究，在金門越冬的鸕鶿為「sinnensis」亞種，但慈湖、太湖、小金門三地的鸕鶿，來源並不相同。 上千鸕鶿群，近萬黑羽軍。入天排如「一」，迎風列成「人」。疾疾越慈堤，密密歸晚林；晨昏參日月，來去觀「兩門」。成群飛渡金廈海域的鸕鶿，是金門冬日的大觀。 金門的鸕鶿，來自何方？目前只知道可能來自多個繁殖地點；主力可能來自俄羅斯境內烏蘇里江或貝加爾湖南側一帶。 根據金門國家公園委託金門縣野鳥學會所做的長期監測：二零零五年一月九日，金門慈湖夜棲的鸕鶿有八千九百七十五隻；同年三月三日，在小太湖夜棲的鸕鶿有五百五十六隻。 二○○六年一月十四日，慈湖夜棲的鸕鶿有一萬零九百五十三隻(四月一日只剩下三十一隻)；二月四日，在小太湖夜棲的鸕鶿有五百二十六隻。 數以千計或數以萬計的鸕鶿，在晨昏進出金廈海域的壯觀場面，對親眼目擊者而言，必然是動人的奇景。大批鸕鶿，對金門的生態旅遊、環境教育、生態記錄而言，都是絕佳的資源。 根據金門國家公園管理處委託中華民國國家公園學會所做的研究，在金門越冬的鸕鶿，應該「不是」來自烏蘇里江、知多半島和青海湖；主力「可能」來自更北方的俄羅斯烏蘇里江流域，或是貝加爾湖南側一帶，但在俄羅斯境內，有關鸕鶿的研究及資訊目前仍相當缺乏。 為了調查金門越冬鸕鶿的由來，由國家公園學會丁宗蘇、張原謀、傅淑瑋所組成的研究團隊，藉由分析羽毛中重氫、氧、碳和氮穩定同位素的比例，加以探討。 根據他們的研究，全世界的鸕鶿共分為六個亞種，包括：「sinensis」、「carbo」、「hanedae」、「maroccanus」、「lucidus」、「novaehollandiae」。在金門金門渡冬的鸕鶿，則是「sinensis」亞種，主要分布在歐洲及亞洲等地，繁殖於比利時、荷蘭等中歐國家，並向東延伸到裏海、黑海、西伯利亞等水域地帶；向南延伸到印度半島、中國大陸等地。 鸕鶿在東亞地區，主要繁殖於中國大陸的東北、華北、內蒙古、青藏等地，還有俄羅斯的遠東地區及貝加爾湖以南。 研究人員於民國九十四年到九十五年冬天，收集了脫落在金門慈湖、太湖、西湖及陵水湖等地的鸕鶿羽毛；另於九十五年夏季到中國大陸黑龍江自然保護區、洪河自然保護區、三江自然保護區、烏蘇里江流域、興凱湖自然保護區、內蒙古自治區的呼倫湖、青海省青海湖自然保護區、札陵湖、鄂陵湖、日本知多半島等共十處，採集了當地的鸕鶿羽毛。 研究人員蒐集羽毛是為了分析「穩定同位素」，因為在動物組織中測得同位素含量的值，會與環境或食物的值相關。 根據研究結果，慈湖、太湖、小金門三地的鸕鶿，可能來自不同地區。不過，在金門採集的數羽毛，無法與烏蘇里江、知多半島和青海湖等地相符；金門鸕鶿來自日本知多半島的可能性也很低，因為當地的鸕鶿已成為留鳥。 穩定同位素技術無法提供鸕鶿來源所在的地點是北緯幾度幾分及東經幾度幾分；研究指出，未來如果要瞭解鸕鶿在亞洲的遷移模式，可能要透過長期繫放或是藉由衛星技術進行追蹤。 由於鸕鶿的遷移路徑很長，又極為怕人，在路線上的每一個棲息地，對鸕鶿的保育都扮演極重要的角色；研究人員認為若能加強與鄰近國家的合作，將會更有利於國際間的候鳥保育；至於在金門本地，則宜培植大面積、鬱閉度佳的木麻黃林，以吸引鸕鶿前來停棲。