為改善太平溪流域的污染，台東縣政府將辦理「東海自然生態處理場興建工程」，期將截流並以自然淨化工法現地處理社區污水，達到改善太平溪水質水體的品質，並完成場區教育解說及綠美化等設施建設工程，縣長黃健庭期盼該項工程能兼顧生態、休閒等功能，達到水資源永續利用。 台東縣政府目前委託經濟部水利署第八河川局易淹水地區河川治理計畫-太平溪整治工程，希望將太平溪規劃為全國第一座示範河川，打造民眾親水、觀水安全的遊憩活動空間，不過，由於太平溪主要污染源為家庭污水，為改善太平溪流域的污染問題，縣府規劃辦理「東海自然生態處理場興建工程」，包括排水截流設施、欄污柵、過水箱涵、排水渠道、濕地主體、解說服務設施及植栽等，所需經費約2000萬元，並已於今年1月12日開工，民國100年3月完工，未來希望在流域支排污水未進入河川深水槽前，即將其截流並以自然淨化工法現地處理社區污水。 黃健庭表示，整治太平溪是非常迫切的工作，縣府也將會列為重點施政項目之一，目前完成豐里橋至馬偕醫院旁第一期工程，未來將繼續進行第二、三期工程及豐里橋改建，將朝向具城鄉景觀方式設計規劃，預計民國103年將可完成台東市豐里橋到太平的全線整治及景觀工程，讓民眾可以親水、觀水及休閒遊憩，提供民眾最好的生活品質。 另外，鹿野鄉新良排水人工濕地第一期工程，由於受到八八莫拉克風災影響，A、B區工區嚴重受損，無法再行有效處理農業廢水及生活污水，為維持其功能性及結合當地民眾之親水性，縣府也爭取4千2百餘萬元進行復建，將於下（5）月開工，8月完工。