莫拉克颱風降下超大豪雨，導致中、南部中央管河川上游集水區多處林班地、山坡地崩坍，所沖蝕之土石造成中、下游河道嚴重淤積。 經水利署初步統計計有濁水溪、八掌溪、北港溪、朴子溪、急水溪、曾文溪、鹽水溪、二仁溪、高屏溪、東港溪及卑南溪等11水系，河道淤積長度約110公里，淤積土石量在六千萬立方公尺以上。 為加速莫拉克颱風災後疏濬作業之執行，經濟部研擬「加強河川野溪及水庫疏濬方案」俟核定後，展開中央及地方通力合作，分工執行，達到1年疏濬六千五百萬立方公尺之執行目標。其中水利署計畫完成河川疏濬二千五百萬立方公尺，水庫疏濬、水力排砂、輸砂及放淤一千萬立方公尺，河川上游野溪土石清疏一千萬立方公尺及地方政府協助辦理二千萬立方公尺。 水利署表示；該方案主要疏濬整體策略包括：影響通洪或居住、交通安全河段淤積土石，為快速、大量疏濬，以保護民眾生命財產安全，處理原則如下：(一)淤積土石就近利用：規劃就近提供重建工程、堤防新建、復建工程使用或填復流失公、私有土地等；疏濬土石就近回填河川沿岸公有地遭盜採土石坑洞；就地整坡固灘，快速有效處理淤積土石，避免影響排洪。(二)有價土石外運使用：優先提供公共工程土石，配合建設需求；公開販售供應土石，提供市場交易料源；河川沿岸公有土地作為暫置場地，或做為區域性土石儲備中心。(三)低、無價土石妥善處理：配合填海造陸、大型土地開發、工業區及科學園區開發等公共工程土方交換或申購使用；地層下陷、低窪地區填土墊高工程；最後剩餘棄土，編列支出經費外運處理或利用公有或台糖、台鹽土地暫置。 在不影響通洪安全或無保護標的河段，考量自然生態、河道沖淤平衡及海岸砂源補充：加強堰壩水力排砂或放淤平衡下游河道，避免河道過度沖刷，影響河防及橋梁等構造物安全；利用自然水力輸砂補助河口、海岸砂源，避免海岸線退縮、砂洲消失等。 為執行「加強河川野溪及水庫疏濬方案」，水利署有以下建議：一、計畫核定後將全力執行1年內完成疏濬六千五百萬方公尺之土石量。該疏濬量超過往年3倍，所面臨艱巨挑戰之任務，需大家共同努力協助達成。二、除中央與地方應通力合作共同參與疏濬，請經建會、工程會、內政部、法務部共同協助確保疏濬作業公開、透明，並排除不正當勢力之介入。三、河川淤積土石有危害安全、致災危險河段將優先處理，疏濬土石優先考量沿岸重建復建需求，及配合提供公共建設需求。也將要考量自然生態、下游河道沖刷平衡，確保河道穩定，兼顧下游沖刷河段安全及河口海岸砂源之補充。四、上游量崩坍面積大，土石可能繼續下移，方案完成後仍將持續依河川沖淤情形檢討辦理疏濬。 莫拉克颱風災後因仍處汛期間，水利署先就瓶頸急要河段緊急辦理河道疏通作業，以減少洪水漫流及二次災害，截至11月22日止，已於濁水溪、北港溪、朴子溪、高屏溪等急要河段執行266萬立方公尺疏通量；另於災後部分河段流勢較緩且便道較易維護者，即積極展開疏濬，並於9月底後河川流量較小時，陸續辦理疏濬工程，截至11月22日止，已於濁水溪、北港溪、朴子溪、八掌溪、急水溪、曾文溪及高屏溪等河川辦理27件疏濬工程，已完成6件，執行疏濬量283萬立方公尺，並將持續增辦中。