經撤回重新檢討，行政院院會昨通過明年度中央政府總預算案等三大預算案，但政府債台高築的壓力絲毫未減，明年度各項預算舉債額度合計高達五一六二億元，仍創下新高紀錄；中央政府累積債務未償餘額則逾四兆六千億元，也是歷史新高。 劉兆玄請辭，吳敦義接任閣揆後，九十九年度中央總預算案、九十九年度擴大公建特別預算案，以及九十八至一○一年度莫拉克颱風災後重建特別預算案經撤回重新檢討。 在撙節支出的原則下，總預算案的歲出預算，共淨減四十八．一億元，從原列一兆七三九八億元，改列為一兆七三五○億元，較今年度負成長四．一％。 明年度國防預算額度已經不到ＧＤＰ三％，僅占ＧＤＰ二．九八六％，馬總統所提國防預算不低於ＧＤＰ三％的政策形同跳票。 明年度的國防預算，主計處統計，在公務預算部分，共編列二八八七億元，另營舍改建等基金預算編列七三八億元，加上其他相關支出，整體國防預算為三七三九億元，明年度ＧＤＰ預估值為十二．五二兆元，換算下來，國防預算僅占ＧＤＰ二．九八六％。 國防預算 馬承諾又跳票 儘管馬總統的國防政策主張國防預算不低於ＧＤＰ三％，但與今年度相較，明年度國防預算額度縮水一百餘億元，且不管是之前的劉內閣或目前的吳內閣，其所編列的明年度國防預算占明年度ＧＤＰ預估值的比率均未達ＧＤＰ三％，而吳、劉兩任內閣相較，吳內閣編列的國防支出僅較劉內閣所編額度減少一．一億元。 主計長石素梅澄清，明年度國防預算額度「接近」ＧＤＰ三％，由於計算基礎問題，不能因此說總統政策跳票；主計處官員說，若以今年度ＧＤＰ的數值（估十二．○七兆元）來計算，明年國防預算占ＧＤＰ三．一％，而海巡等相關預算支出也可視為廣義的國防支出，加計之後，絕不只ＧＤＰ三％。 至於總預算案的歲入預算，引發爭議的台灣金控二三六億餘元的釋股預算案決定喊停，明年度不編列其釋股預算，改從增加稅課收入及繳庫盈餘等管道籌措財源。 有關公共建設的預算規模，主計處指出，明年度各項預算案的公共建設支出合計為五一七八億元，已較今年度增加逾百億元。