莫拉克風災造成本市安南區全區、北區及南區部分里嚴重淹水，颱風過後，積水逐漸退去，卻造成台南市環境衛生防疫一大隱憂，為避免台南市淹水區域病媒孳生，衛生條件惡化，本市於98年8月31日至9月6日針對全市嚴重淹水區里執行同步噴藥消毒工作，為使藥效發揮更佳效能，希望民眾加強居家環境衛生清潔及孳生源清除。 風災過後，環保局已於98年8月12日至8月16日，動用消毒人力、機具並獲台中市環保局、彰化市公所、南投縣埔里鄉公所、國軍33化學兵群之支援及僱用民間消毒業者完成第一波淹水地區66里環境消毒，包括安南區全區51里，南區喜南里、喜北里、喜東里、興農里、同安里、佛壇里、省躬里、永寧里、松安里等9里，北區大豐里、大港里、大和里、賢北里、文元里、文成里等6里，計清除人力208人次，消毒面積813公頃。 然而即使迅速進行消毒工作，災後登革熱疫情仍於高雄爆發，風災前僅7例之高雄市迄今2日增至49人，屏東萬丹鄉更發生村民感染鉤端螺旋體疫情，加上近日H1N1新型流感，更需民眾加以配合環境整理以避免各類傳染病疫情發生。 環保局呼籲民眾，配合此次消毒工作，加強巡檢居家環境週遭是否仍殘存積水容器，並適度使用經環保署登記合格的水性殺蟲劑或殺幼蟲劑。同時可選購市售家用漂白水(成分為次氯酸鈉濃度約為5%左右) 稀釋250倍；漂白水以免洗湯匙1匙加入5公升〈約小水桶半桶〉水，進行室內環境及一般器物或家具、地板擦拭消毒工作，藉此防範各項傳染病發生，營造健康安全的生活環境。