莫拉克重創南台灣，也讓中央與地方政府大打口水戰。針對部分地方首長批評政府緊急應變機制失靈，行政院發言人蘇俊賓回應指出， 一樣的災害應變，為什麼台南能及時疏散？中央與地方的通報機制一直都在，部分縣市是否及時進行疏散才是關鍵。 蘇俊賓雖然沒有直接批評哪些縣市出問題，不過外界多認為這番話在暗批屏東縣與高雄縣，疏散災區居民不力。 消防署長黃季敏則明確指出，八月七日氣象局監測屏東縣山地門的雨量逾七百四十五毫米，中央災害應變中心當晚七點半傳真通報屏東縣政府，要求執行撤離民眾，並回報執行情形，但對方並未落實，導致發生淹水，民眾來不及脫困。 行政院長劉兆玄十日涉水視察台南災情，意有所指表示，他覺得台南市比較幸運，因為台南市知道通知與警戒，市政府更連夜進行撤離災民的工作；此種做法快又確實，較諸事後再去營救脫困，台南市的做法算是十分正確。 劉兆玄指出，此次風災高雄縣與屏東縣的問題非常不同，屏東縣看得到、拍得到；但高雄縣因有偏遠山區，須透過空中支援，及包括民間與軍方全力投入山區，這都是內政部長廖了以在救災中心的首要工作。 南下勘災的行政院長劉兆玄在周一中午返回台北之後，立刻召集幕僚開會。蘇俊賓在轉述會議內容時表示，綜觀南部幾個縣市的災情，有沒有及時撤離是關鍵；凡是中央或地方應變機制發揮作用，能夠及時撤離的縣市，傷害都很小；反觀如果沒有及時撤離，事後投入再多資源補救都是亡羊補牢。 針對部分地方首長炮轟風災中聯絡不上中央，蘇俊賓私下連聲問：「你們覺得有可能嗎？」蘇俊賓強調，現在以救災為重，中央與地方的口水戰不是災民想看到的。但他也強調，通報機制一直都有，畢竟是同一套機制，機制本身不一定有問題，問題出在機制的執行。 至於地方是否掌握充分的風災資訊，蘇俊賓說，中央預測的雨量等資訊，都會透過通報系統傳達給各縣市，讓各縣市依據可能的風險進行評估；但第一線的情況如何，要進行哪些疏散和配套，要靠地方應變中心。 面對莫拉克颱風重創南台灣，馬英九總統點名要水利署檢討，水利署長陳伸賢昨日表示，該檢討的，水利署一定會檢討；目前最重要的事就是把救災工作完成，至於若在政治上需負責，「待救災告一段落後，一定願意擔當。」