馬英九總統愛運動，身為三軍統帥的他強調國軍軍紀的建立必須從加強體能、強化紀律到執行清廉三大管道落實。他在接受訪問時還不滿地表示，軍人體能應徹底加強，「去年國慶日兩個空軍儀隊昏倒時，才十點多，搞什麼啊？你說我生不生氣？」 馬英九表示，從去年上任以來，感覺國軍還有很多地方要加強，從體能、紀律到清廉程度都要加強，「我不斷給國防部長陳肇敏壓力，要他徹底推動。」馬英九也不解，上次他指示國軍要加強體能，但社會各界卻聽到很多雜音，「那標準並不是特別嚴格，及格也沒那麼難啊！」 馬英九回憶，儘管他當兵是很久以前的事情了，以前軍營有很多標語，寫著「軍令如山、軍紀似鐵」，還有「不貪財、不怕死」，很好啊！本來就應該如此，軍人如果做不到，又怎麼能夠期待別人也如此？一個有責任、保家衛國、執干戈以衛社稷的軍人，在受訓時都知道「合理的是訓練，不合理的是磨練」。他以前當兵也會不滿，但後來想想，「打仗的時候，哪有合理的條件？」 「我每次去部隊都和總長或部長說，就是要這樣做！」他當年只是預官而已，經過了幾十年，難道還不應該貫徹到底嗎？現在要建立一個全募兵制，也是這個道理。既然是志願來服役的，就要好好忠於志願，如果志願役沒興趣，整天只想數饅頭，「那我看，沒興趣的人也不用來了。」軍人的武德、軍魂必須建立起來，否則怎麼說服民眾每年政府花幾千億的軍事預算。 馬英九說，國軍如果這個惹風紀爭議、那個有風紀問題，這怎麼行？就像國慶日，兩個空軍儀隊當場昏倒，那時才十點多而已，還不是說站了一個上午耶！太陽還不是很大的時候，「搞什麼啊？那你說我生不生氣？」 馬英九說，以前他服預官役時，旁邊是陸戰隊儀隊連營房，「我看他們的訓練還不是拿假槍，而是拿Ｍ１在耍ㄟ，那可是非常重的槍。」所以，國軍必須有一定程度的嚴格軍紀。