「為了高雄市民的最大利益，含淚接受也得接受！」，高雄流行音樂中心用地取得問題，中央與地方爭論多時，高雄市長陳菊10/13日裁定「高雄港16、17號碼頭」與「高雄港11~15號碼頭整體開發」兩案並陳，要求中央政府「趕快定案」。 高雄流行音樂中心的命運一波三折，原已經行政院定案設址高雄港16、17號碼頭，歷經政黨輪替又起變數。面對流行音樂中心用地取得必須在10月15日前定案，否則40億經費可能泡湯的壓力，陳菊今拜會議長莊啟旺，表達流行音樂中心一定要設在高雄港區的立場，並提「高雄港11~15號碼頭整體開發」備案，爭取共識。 莊啟旺認同陳菊的主張，認為不應只為少數航商反對而影響高雄港的百年大業；在流行音樂中心的議題上，他的想法與市府一致，並強調建設不應分黨派。莊啟旺認為市府提出「高雄港11~15號碼頭整體開發」備案是務實的做法，但仍堅持11、12號碼頭腹地太小，不宜作為主要建築的用地。 莊啟旺說明，基於產業發展與地方繁榮的需要，流行音樂中心的用地以市府規劃的16、17號碼頭為首選，兩座台泥水泥儲槽經他多次協調已確定明年拆除，且散裝貨運碼頭的問題也有替代方案。他透露，高雄港務局曾說明，目前高雄港仍有裝卸石化原料的危險碼頭，未來計劃搬遷到南星計畫區，空地轉為散裝貨運碼頭。據此，莊啟旺表示無法理解航商為何反對流行音樂中心設置16、17號碼頭。 在府會雙方的晤談間，文化局長史哲也說明「高雄港11~15號碼頭整體開發」備案的內容，強調11~15號碼頭整體開發符合都市計畫「特定文化休閒專用區」的宗旨，該地於94年8月5日由高雄港務局與市府簽訂行政契約委託開發，無航商遷移安置問題，並於97年6月27日獲經建會副主委黃萬翔明確建議。史哲強調，市府矚意流行音樂中心設址16、17號碼頭是經過專業評估，但不樂見地方建設因爭議而遭延宕，才提備案並兩案並陳，希望藉此「平息爭議，啟動建設」。 史哲並回應莊啟旺認為11、12號碼頭腹地太小的質疑，他表示與「高雄港11~15號碼頭整體開發」備案內容並不衝突。史哲說明，此案規畫以整體開發為考量，既有11、12號碼頭的公共建設與碼頭設施不會變更，流行音樂中心的主要量體也不會設置於此。史哲進一步說明，市府規劃流行音樂中心是朝「園區」發展，無論未來核准哪一案，高雄流行音樂中心都不會只是一棟建築物，而是能提供寬廣開闊的視野，結合高雄作為海洋城市的特色，並容納遊艇產業進一步發展的流行音樂園區。