南投縣政府表示：為維護日月潭水體水質，在萬人泳渡嘉年華活動前、中、後，與暨南大學、交通部觀光局日月潭國家風景區管理處等單位，分別派員至日月潭進行水質採樣檢驗，嚴密監控日月潭水質變化，經交叉比對水質結果無優氧化趨勢，顯示日月潭泳渡活動，對日月潭水質並無影響。 環保局表示，縣府舉辦2008年日月潭國際萬人泳渡嘉年華活動，在活動進行前、中、後，該局與暨南大學、交通部觀光局日月潭國家風景區管理處等單位，均派員至日月潭進行水質採樣檢驗。 經交叉比對水質結果，氨氮0.08mg/L以下、化學需氧量14.2 mg/L以下，水質符合飲用水水源水質標準；卡爾森指數在39至46間，介於貧氧至普氧間。 再比對環保署今年度第二季水質監測結果，卡爾森指數在39至46間，介於貧氧至普氧間，無優氧化趨勢。由此顯示，日月潭泳渡活動對日月潭水質並無影響。 該局說，為維護日月潭水體水質，環保局於97年8月1日召開日月潭當地觀光業者「水污染防治相關法規及管制說明座談會」，進行水污染防治設施操作及法規說明，督促日月潭地區列管事業正常操作廢水處理設施及遏止非法排放。 並自97年8月24日至9月2日期間，更加強白天、夜間、例假日之稽查、採樣。經送檢結果，尚未超過放流水標準。 且期間該局，亦針對各事業之獨立電表進行勾稽查核，評估廢水處理設施操作情形，結果大體上其廢水處理功能尚正常且運轉操作。 同時環保署毒管處非常關心日月潭水質，於97年8月20日會同環檢所至日月潭採樣，該次檢驗報告結果顯示水質均無異常，日月潭及德化淨水場均偵測不到壬基酚、35項農藥，飲用水中陰離子界面活性劑、酸鹼值、餘氯均符合飲用水水質標準。