因應新冠肺炎疫情，台灣港務公司超前部署，提前啟動港區緊急應變機制，積極辦理各項港口防疫工作，並實施各港口COVID-19防疫兵棋推演，以有效執行各港區邊境管理，杜絕疫情之傳播與蔓延。
臺灣港務公司表示，自COVID-19(武漢肺炎)疫情爆發前即配合中央流行疫情指揮中心之指示，超前部署提前啟動港區緊急應變機制，積極辦理各項港口防疫工作，並由董事長李賢義召開防疫整備工作會議，訂定「臺灣港務股份有限公司因應嚴重特殊傳染性肺炎及其他疫情整備應變計畫」及「臺灣港務股份有限公司港埠防疫COVID-19(武漢肺炎)作業指引」，擬定各港口防疫對策、建立完善通報系統與處理程序，以有效執行各港區邊境管理，杜絕疫情之傳播與蔓延。
為因應武漢肺炎疫情嚴峻，臺灣港務公司除持續執行港區相關防疫措施外，並實施各港口COVID-19防疫兵棋推演，兵推演練狀況涵蓋「船舶進港時進行相關疫情宣導」、「申請進港之船舶如有船員疑似感染武漢肺炎之處置應變」及「旅客通關時實施非洲豬瘟之查核及裝卸作業期間之鼠疫防治作為」等項目。
臺灣港務公司指出，除演練港區對外工作防疫作為外，針對公司內部辦公區域遇有突發狀況之應變處置，亦辦理「通行證櫃台及VTS(船舶交通服務)業務啟動異地及分區辦公作業」演練，針對常與民眾接觸之通行證櫃台及國家關鍵基礎設施VTC塔台，演練環境清潔消毒、進駐備援地點持續辦理業務，使民眾請領通行證業務及船舶進出港交通服務不受疫情影響而致中斷，維持重要業務於疫情期間之順利執行。