台灣高鐵公司持續配合政府強化各項防疫措施，針對海軍磐石艦確診官兵曾搭乘高鐵，高鐵公司自19日起已完成官兵行經車站及全車隊列車加強消毒；後續並持續進行車站加強消毒作業，同時，一旦確認曾有確診個案搭乘之列車先回送基地以機械噴霧進行車組消毒，並全面擦拭消毒餐桌扶手等旅客易接觸設備、更換該車廂所有空氣濾網及該座位椅布，完成深度清潔後，才會再投入營運服務，以維護旅客健康安全。
高鐵左營站強調，列車車廂均設有獨立空調系統，每車次列車於抵達端點站進行折返清潔時，即會以酒精進行全面消毒，另每日於收班後再進行一次全車消毒；同時，高鐵各車站每2小時即消毒一次，並於售票櫃檯、自動售票機及閘門紅外線體溫量測區域，皆劃設「社交距離」參考線，另於旅客動線上廣設消毒酒精，並封閉車站生飲台型式之飲水機，敬請旅客安心搭乘。
凡經地方政府公告，有確診官兵曾經進出之高鐵車站，高鐵公司均立即安排人員進行車站全面加強清潔消毒。同時，全車隊列車於4月19日收班後完成加強消毒，後續更持續針對確診案例所搭乘之列車立即暫停載客服務，完成深度清潔作業後再行投入營運服務。
台灣高鐵自4/1起全面實施旅客進站體溫測量，連續量測2次額溫達37.5℃之旅客，除將勸導返家休息或就醫外，並將依傳染病防治法第37條第1項第5款及第3項規定拒絕運送。同時，旅客搭乘高鐵請一律自備口罩並全程配戴口罩。依據疫情指揮中心宣布，旅客若不配合配戴口罩者可依傳染病防治法裁罰，高鐵公司將配合鐵路警察，落實執法，敬請旅客遵守相關規定，保護自身與大眾健康安全。
有關台灣高鐵各項防疫措施，請上台灣高鐵企業網站「乘車安全 為您守護」COVID-19（武漢肺炎）防疫專區查詢最新資訊。