國立台灣史前文化博物館南科分館，預計將於民國99年動工興建，興建完成後的南科分館，將肩負文化保存的重大使命，妥善保存橫跨大坌坑、牛稠子、大湖、蔦松、西拉雅以及漢人六個文化層的南科考古遺址及出土文物。 史前館「南科館推動小組」於96年5月正式成立，本小組由史前館本館研究人員帶領，陸續招募典藏、展示、建築工程等專業人員，首先針對目前遺址文物出土情形，進行典藏庫空間及設備的細部規劃研究。推動小組並自今（97）年起，陸續啟動多項展示與教育推廣的相關計畫，除了積極將南科考古出土研究成果化為展示內容外，為因應南科分館強調「教育」與「推廣」的使命，更著手研發互動式創意網頁，量身訂做兒童考古發掘體驗學習軟體，期望透過網路與電玩遊戲獨特的溝通方式，將生硬的學術語言轉化，讓一般民眾也能體會考古學的迷人之處。 史前館表示南科分館的硬體建築部分，館舍基地位置已選定位於南科管理局旁的用地，推動小組將於97年9月進行PCM專案管理廠商徵選；97年底至98年年初進行館舍建築規劃評選；原訂98年度土地購買經費預算部分，浦館長也積極向教育部爭取中，待經費核撥後，即可按進度取得土地，並進入工程施工階段，籌建史前館南科分館。