臺大醫院雲林分院為配合國家八期醫療網分級醫療的規劃，健全臺大體系健康照護網路，加強服務病患，促進院際合作交流關係，與雲縣基層診所簽訂合約。
院長黃瑞仁表示，過去衛福部健保署大力推動「分級醫療」，期望民眾"小病"在基層院所就診，"大病"才轉診至大醫院處理和治療，等病況穩定之後，病人再回歸社區基層院所，而是民眾轉診至區域醫院或醫學中心後，都是滯留在大醫院就診追蹤，僅少部分能回歸基層院所照護，原因在於基層院所醫師和區域及醫學中心的醫師缺乏互信合作的基礎及有效率的轉診資訊平台和配套的轉診機制。因此，如何建立有效的「雙向轉診」機制及建立以互信為基礎的溝通平台實為落實「分級醫療」成功的關鍵。
門診部主任陳彥甫表示，為落實分級醫療，自去年起由黃瑞仁院長召開每季的「與基層院所對話交流座談會」，更進一步結合地區的基層院所成立「雲林雙向轉診醫療聯盟」，並建立通暢的轉診掛號窗口，確保轉診病人能掛到號。對內成立「分級醫療推動小組」，定期開會擬定推動策略，提撥轉診獎勵金鼓勵轉診策略的實施，改善轉診醫療資訊系統，在診間宣導民眾分級醫療政策的實施相關影片及資訊。
劉宏輝副院長表示，經過策略努力推動後，下轉到基層的病人大幅增加，轉入與轉出的比例已經逆轉。由下轉至基層院所的成功率卻僅有21.5%。根據分析調查，沒有回歸基層診所的民眾裡，除了病情已恢復不需再就醫或需特殊病情追蹤外，「藥物和臺大雲林分院不一致」及「病歷資訊都在臺大醫院」為民眾不願回歸基層就診的兩大主因。有鑑於此，希望結合有志於落實雙向轉診的基層醫師，簽訂銜接與垂直整合計畫合約。除了讓基層醫師能分享台大醫療資訊系統，進一步了解病人住院就醫狀況及治療或檢查結果，能便利病人掛號。另一方面，台大雲林與基層醫師能在藥物整合方面，進一步協商力求藥品的共通性，讓民眾能放心回歸基層治療。
黃瑞仁院長表示，簽訂銜接與垂直整合計畫合約，不僅是要讓基層醫師能放心將病人交棒給臺大做後續照護，而藉由藥物及資訊的整合，進一步深化雙向轉診及落實分級醫療，讓適當的轉診病人都能夠再安心回歸社區接受基層醫師照護，達成「民眾」、「基層院所」及「區域醫院/醫學中心」都獲益的三贏目標！