位於安平港1號通棧，去年4月起正式啟動營運的「安平港海運快遞專區」，為中南部唯一海運快遞專區，由臺灣港務股份有限公司高雄港務分公司經營管理；目前運用高雄港密集航線，每天都有船班可運送海運快遞貨物進出口。 海運快遞貨物進、出口通關均經由專區輸送帶、X光機進行查驗，貨物通關安全、快速與便捷，近期將配合關務署公告修正海運快遞貨物通關辦法部分條文修正草案，海運快遞貨物通關預期將更為便利順暢。 臺灣港務公司表示，依據「海運快遞貨物通關辦法」第6條，海運快遞業者負責經營承攬及遞送海運貨物快遞業務之營利事業，有意願加入海運快遞行列的海運承攬運送業者，若未具備報關業資格者，應指定配合之報關業者，向海關申請登記成為高雄關海運快遞業者。 臺灣港務公司表示，為鼓勵及吸引貨主、業者投入貨物以海運快遞模式運送，公告實施「安平港海運快遞貨物暨拖車運輸獎勵措施」，對象為財政部關務署高雄關核准之海運快遞業者，獎勵措施實施期間自即日起至107年12月31日止，獎勵內容涵括海運快遞貨物獎勵、海運快遞拖車運輸獎勵，並由臺灣港務公司高雄港務分公司受理業者申請與核發獎勵金等事宜。 安平港距離廈門港145海浬、泉州港僅140海浬，對於發展兩岸貨物運送有其優勢地理位置，港務公司同時表示，歡迎有意願投入經營安平港兩岸航線之船舶業者，開闢安平港航線，配合已建置之海運快遞專區、自由貿易港區、農特產品發貨中心，活絡港區發展，共掌商機。