為提供航商業者便捷的進港審查檢疫申辦程序，交通部航港局與衛生福利部疾病管制署共同合作，提供「船舶審查檢疫線上作業暨多元繳費服務」，目前已正式上線，航商業者可透過線上申辦船舶進港（首港）審查檢疫，有效節省人力與時間。 依據我國傳染病防治法及港埠檢疫規則，船舶入境前4至72小時應向疾病管制署申辦審查檢疫。該署統計，去年首港船舶審查檢疫艘數共35132艘。 這次雙方機關合作之船舶審查檢疫作業線上化後，對於船舶上無人員健康異常且無船舶衛生異常情況者，航商業者只要透過航港局「航港單一窗口服務平臺（MTNet）」完成首港預報後，即可於線上申辦船舶審查檢疫。 業者於航港局MTNet系統填報之檢疫申辦資料將傳送至疾病管制署系統檢核，約5分鐘內系統將自動核發線上檢疫准單，並提供業者於MTNet系統下載，快速便捷。此項服務不分平假日，有效減少業者原本親赴疾病管制署檢疫櫃檯辦理之交通往返時間。 此外，該次線上化整合服務也提供金融機構或郵局繳款、網路/實體ATM、全國繳費網及便利超商代收等多元管道繳費，航商業者可選擇線上繳費或合適實體通路繳費，減少往返港區臨櫃申辦所耗費的時力。 疾病管制署提醒，航商業者務必誠實申報、如期上傳文件（含航程表的檢疫電報、船舶衛生證明書、海事衛生聲明書）及繳費；若船舶出現人員健康異常或船舶衛生異常等事件，請航商業者依傳染病防治法向疾病管制署所屬檢疫站通報，並請臨櫃辦理及配合相關防疫檢疫事項。 為讓業者瞭解該系統，航港局與疾病管制署已分別在基隆、臺中、高雄及花蓮地區辦理4場航商業者說明會，且邀請部分業者實際體驗線上申辦及繳費作業。 未來將陸續開發國內續航（二港）線上檢疫申辦功能，期望業者能多利用該系統申辦線上審查檢疫，減少資料重複登打及臨櫃往返時間，有效提高行政作業效能。