清水高美濕地是一個可提供親子戲水暨生態體驗互動教育的地方，且它的夕陽更吸引許多愛好攝影者及遊客前往觀賞，但高美濕地是一處「生態保護區」，民眾造訪高美濕地時別忘了，應遵守公告管制事項並詳讀公告，才不致乘興而來敗興而歸。 高美濕地自一０一年七月二十三日起公告，將保護區分為核心區、緩衝區及永續利用區等三區分區管制，遊客務必從高美二號海堤解說半島前之木棧通道及番仔寮海堤越戰美軍戰備油管道等二處通道，進入永續利用區進行生態體驗，切勿未經申請擅自進入核心區及緩衝區。 另外漁民也不得進入核心區從事漁業行為，若擅入高美野生動物保護區將受罰新台幣五至二十萬元。 高美濕地遊客、漁民擅自闖進保護區違規情況仍時有所聞，統計一０一年到一０四年，共計開罰七十九件，而今年至也已有十六件擅闖保護區違規案件，清水警分局呼籲，別因一時的疏忽或貪玩而誤闖管制區或破壞生態，觸法罰款掃了旅遊的興致。