日前媒體報導港務公司進行組織改造，進用專業不符的高階主管，並裁減員工薪水，考核丙等不得領取年終獎金一文。港務公司表示，公司規劃推動組織調整，是為因應全球航運市場競爭所做的組織調整，並以保障員工權益為前提，報導內容稱員工遭到減薪並非事實。 另港務公司表示，對外引進高階經理人是為因應企業化經營發展需要，強化「臺灣港群」國際競爭力，且均依國營事業人員進用相關規定辦理公開徵選，非酬庸，也絕無黑箱作業。進用民間企業專才，除可借重其寶貴實務經驗外，並可引進新觀念，活化組織，對提升公司營運績效有顯著效益。 又有關員工考核制度均依政府相關法令規定辦理，其最主要精神是為使員工表現具有鑑別度。尤其是對於表現較為落後者，能夠給予專案輔導，幫助同仁迎頭趕上，達到「獎優輔弱」的目的，且丙等員工年終獎金雖有打折，但並非全部不得領取，報導內容與事實不盡相符。 港務公司表示，公司成立4年多來，整合各港資源，以「臺灣港群」之姿發揮「對內協調分工，對外統合競爭」的綜效，每年營收均有所成長，感謝每位同仁的努力付出。希望未來勞資一條心，共同開創新局，讓港務公司營運更上一層樓。