這次卡玫基颱風來襲，行政院已立即啟動防災機制，由內政部長擔任救災總指揮，行政院長劉兆玄17日晚間前往中央防災應變中心，要求各部會必須全力配合，以救助人命為最優先，盡全力減少人民生命財產損失。 由於中南部地區豪雨不斷，劉院長心繫災情，於17日午夜再度與廖總指揮聯繫，就災情狀況進行瞭解，並得知台南縣發生搜救人員與民眾被洪水沖走及土石掩埋意外後，立即請廖總指揮指派專人前往瞭解，並於今天上午七時兼程二度前往中央防災應變中心瞭解最新災情，並親自致電縣市長，要求儘速救災。 鑑於中南部地區超大豪雨已造成嚴重災情，行政院各部會於今天上午即全體動員，全力投入救災工作，劉院長不僅取消包含本週末內閣研討會在內的一切既定行程，深入中彰投地區視察災情，更要求相關部會首長分頭前往災區，瞭解災情，及時給予援助。 目前各地區雨勢仍在持續，災情恐將擴大，行政院將整合相關部會之資源與力量，全力協助各地方政府，就災後交通恢復、積水清除、衛生防疫、物資調度、物價平抑、中低收入戶受災扶助等事項，整合相關部會之資源與力量，積極配合地方政府需要，以最短時間恢復民眾正常生活為首要目標。