為確保台南市飲用水水質，台南市環保局每月均定期派員與自來水公司聯合抽驗台南市25個自來水直接供水點，檢測項目內容包含大腸桿菌、總菌落數、濁度、總硬度、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮、酸鹼值，長期檢測結果，都符合環保署公佈之飲用水水質標準，確認台南市的水質是沒有問題的。 飲用水中之微生物或細菌雖經臭氧、活性碳吸附、結晶、軟化等高級淨水程序，但仍無法完全去除，為確保飲用水安全，必須加氯消毒，可是餘氯過高，與有機物結合，恐產生致癌的副產品三鹵甲烷。針對民眾關心且影響人體健康三鹵甲烷及餘氯，台南市環保局長年抽驗自來水自由餘氯結果均在限值之內，行政院環保署每年督導全國各級環保機關執行抽驗自來水水質中總三鹵甲烷，檢測結果平均濃度為（0.02毫克/公升）遠低於飲用水水質標準（0.08毫克/公升），所以台南市市民以自來水為飲用水水源基本上是安全的，民眾無需憂慮。 環保局根據日本的研究及行政院環境檢驗所實驗結果如何使三鹵甲烷與餘氯量降低提出說明，自來水煮沸過程中，總三鹵甲烷會先隨溫度增加而增加，煮沸到100℃時達到最高溫打開鍋蓋繼續煮沸3~5分鐘則總三鹵甲烷含量會大幅減少，惟須注意通風或打開抽風設備，以利將三鹵甲烷排除。用戶也可將自來水盛裝於容器，靜置一段時間，減少自來水餘氯後，再行煮沸，環保局將持續督促自來水公司做好水質處理工作，隨時掌握水質狀況