雲林縣政府為有效管理畜牧場，提升新設置畜牧場的環保減廢設施，除於104年7月16日公告「雲林縣新設置畜牧場管理自治條例」，針對新設置畜牧場規範應距離商店、廠房、機關（構）、學校或住宅社區周界三百公尺範圍及提升新設置畜牧場減廢再利用設施外，並規劃綠能畜禽舍減廢再利用設施補助，針對舊有畜牧場首創每年可申請2項再利用設施補助，逐年協助舊有畜牧場改善設施，減少畜牧場對環境的影響。 縣長李進勇參觀雲林縣綠能示範豬場-三源牧場，並表示，三源牧場非常用心，全場採水濂式高床畜舍，裝設節水飲水器及廢水回收設施，減少用水及廢水排放，三源牧場還充分回收沼氣產熱供應分娩舍保暖用及員工洗澡熱水，今年更配合縣府政策，設置沼氣發電機，發電供應場內管理室使用，充分落實源頭減廢及廢棄物再利用工作，提升畜牧產業形象。 三源牧場負責人陳永雄表示，畜舍採高床設計，有效減少廢水，今年4月更開始使用沼氣發電，目前已可完成供應廢水處理設備所需電力，將以科技、綠能的專業研究力，擺脫髒亂，致力營造一個對豬、對人都舒適的環境。 農業處長張世忠表示，綠能畜禽舍減廢再利用設施補助，主要的目的就是要輔導有意願改善的畜牧場，透過補助方案，來提升畜牧場內設施並配合綠能示範豬場評選，來鼓勵畜牧場申請。104年度合計補助畜禽場水濂畜禽舍改建32場次、設置廢水回收設施10場次、雨污水分離設施9場次、畜禽場除臭設施22場次及沼氣發電設施2場次，並有3場通過綠能示範豬場評選，頗受畜牧場好評。 李進勇說，明年將持續推動「綠能畜禽舍再利用設施補助」，協助縣內舊有畜牧場改善，期望讓傳統畜牧產業轉變為綠能畜牧產業。