有關總爺國小裁併案，蘇煥智批教育部漠視地方自治權限，單聽取單方面陳述，六月初由總爺國小學生代表鄭雅心向教育部訴願審議委員會訴願，未給縣政府論辯機會，教育部逕行將傳統上視為行政組織調整的「行政規則」，視為「行政處分」，而受理訴願、要求縣府撤銷原處分，蘇煥智直言：「因為媒體轉述馬總統關切此案，教育部漠視地方自治權限，簡直是馬屁文化，難道上級機關違法的行政處分，下級機關沒有救濟之道嗎？」關於後續處理方式，蘇縣長指出「不排除提起行政訴訟，甚至請求大法官會議釋憲」。而總爺國小與文正國小合併案則繼續執行。 上級機關違法，下級機關卻無法提起行政訴訟，太不合理 蘇煥智進一步指出：「訴願法規定，訴願決定『確定後』，縣政府不得提起訴訟再行爭執，但依據的僅是最高法院的判決，並非判例，因此突顯出一個不合理的事情：上級機關違法的行政處分，下級機關無法提起行政訴訟？！」中午蘇縣長與縣府法治人員開完會後，法律專業人士也指陳「訴願法確有不合理之處，上級機關的訴願決定，下級機關無法提起訴訟，實不合理」。 「憲法明訂教育事項屬地方自治權限，教育部明顯侵權，難道縣政府無法有救濟之道嗎？」「這是一個法治國家嗎？下級機關連救濟權都沒有！」因此蘇縣長在與縣府法治人員開會後決定，不排除對教育部提起行政訴訟，甚至請求大法官會議釋憲，凸顯現行法令的不合理。 教育部自訂裁併校獎勵措施，卻自打嘴巴 縣府人員指出，監察院在九十三年12月召集教育部、各縣市教育局，探討小型學校簡併方案，明確指出，「學校規模太小或學生數太少，不僅不符成本效益原則，抑且不利於學生之社會互動與人際關係的學習」。教育部94年6月「國民小學小型學校發展及最適學校規模之研究」指出，國小學生人數100人以下，其實已經不具最適經營規模，而應該進行相關整合的作為。而教育部也訂出獎勵措施，祭出經費補助方案，獎勵各縣市政府裁併校，如今卻干預縣政府的行政措施。「以後全國只要裁併校，皆可提起訴願，各縣市政府不用裁併校了！其實不利於教育與學生學習」。