關於接下來該怎樣處理總爺國小裁併校問題，縣府指出7/14已函文總爺國小取消「自由學區」，縣府相關人員指出：「總爺國小過去為糖廠員工的子弟學校，不屬於常規設置之學校，所以當初並未劃分學區，可自由入學。如今糖廠沒了，員工宿舍也沒了，又與文正國小學區重疊，現在是恢復常軌，依國民教育法學區劃分原則辦理。」 另外，教育部不顧縣政府所依據的『國民教育法』第4條第2項及『國民教育法施行細則』第2條等學區劃分、學校設置之規定，反而引用『台南縣國民小學小校裁併實施計畫』，縣府人員說：「教育部怎會捨母法而引用縣府自訂的裁併實施計畫？？事實上，縣府前一陣子就已經開始檢討裁併實施計畫之周延性，並著手修正實施計畫，7/15將會發文各校」。 教育部訴願決定書要求縣府「另為適法之處理」，總爺國小文正國小合併案將依修正後的裁併實施計畫執行合併。