針對漁民向台中港務局爭取漁業損失補償問題，台中市府建議可請公正第三者公平公開再評估。 有關「台中市台中區漁會」與「台中市漁船及漁民互助協會」認為，漁民受台中港建港影響，產生相關漁業損失，因而向交通部台中港務局要求補償一事。 農業局表示，台中港建港確實對漁民作業造成一定影響，例如漁場消失、漁民作業範圍限縮及被迫須至更遠的海域作業等，站在漁政主管機關立場，建議雙方請公正第三者以公平公開方式再做評估，並相互尊重評估結果。 農業局表示，台中區漁會與台中市漁船及漁民互助協會認為，台中港建港造成漁民漁業損失，因此自民國八十五年開始陳情，提出十八億六千九百萬元補償金的要求，當時省議會組成專案小組調處，決議委由私立中國海事專科學校進行「台中港建港影響梧棲漁港機漁船（員）漁業損失補償評估」，最後評估結果為補償無從成立。 隨後，漁民與台中港務局歷經多次協商，然而問題仍未得到解決；農業局表示，台中海岸長約三十八公里，其中台中港區範圍即佔十二點五公里，建港造成漁場消失、漁民作業範圍限縮，且被迫須到更遠的海域作業，增加漁撈成本，由此可看出建港對漁民造成的影響。 此外，台中港建港前為潮汐港，漁船須視潮汐狀況才可以進出漁港，建港後漁船進出漁港不再受到潮汐限制，進而演變成為台灣中西部第一大漁港，加上台中是魚貨重要集散地，吸引眾多外縣市籍漁船到此卸貨，使得統計資料顯示魚貨量驟升，台中港務局引用此資料反駁漁民訴求，實有失偏頗。 農業局指出，針對該補償案，農業局站在漁政主管機關的立場，為維護漁民合理權益，建請漁會及協會與台中港務局雙方應照前行政院秘書長林中森在一０一年一月主持的會議決議，請公正第三者以公平公開方式再做評估，未來雙方並應互相尊重評估結果。