近年來由於外來植物「互花米草」入侵清水區高美濕地，對原生植物雲林莞草及灘頭原生物種棲地造成競爭，導致高美濕地生物相遭到破壞，農業局與行政院農業委員會林務局過去三年已共同編列經費，並委託台灣野鳥協會進入高美濕地移除，今年市府再提報計畫經費八十八萬元，目前由林務局核定中。 台中市農業局表示，「互花米草」為多年生草本屬禾本科，是國際公認的入侵植物，因具有耐鹽及耐淹的特性，可以適應潮間帶高鹽分環境，具生長快速及不易移除的生物特性。 農業局與行政院農業委員會林務局於一０一至一０三年委託台灣野鳥協會進入高美濕地移除，並共同編列經費，一０一至一０三年總執行經費三百四十九萬元，共動員志工人數三千四百二十一人次，割除地上物一萬七千二百零四點三九平方公尺，雇工二十四人次移除地下根莖四千八百七十二點八六平方公尺，今年提報計畫經費八十八萬元，目前由林務局核定中。 農業局表示，根據經驗，「互花米草」移除以人工拔除、連續割除法的成效較佳，拔除時須將根系移除，並將根系及斷莖掩埋，以避免互花米草藉無性繁殖再度生長擴散，目前保護區移除對策為連續割除法，此法能抑制光合作用產物轉移至根莖，以減少地下擴展範圍。 農業局也呼籲國內外志工一起加入「互花米草」移除的行列，希望在五年內根除現有族群，恢復保護區內蓬勃的生物多樣性。