遊艇申請航行金門、馬祖、澎湖與中國地區係依據「臺灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法」第7條規定採專案許可方式辦理，為加速申請案審查作業，交通部航港局召集相關單位共同研商，訂定「遊艇申請航行金門、馬祖、澎湖與中國地區作業程序」，明訂申請所需文件及簡化審查流程，臺灣與大陸地區間之遊艇直航申請，則仍依現有機制辦理。 航港局表示，申請人需檢附申請公文、航行計畫書、乘員名單及意外責任保險單、遊艇駕駛及助手名單、相關適航證書等文件向航港局提出直航申請，在申請文件均備齊之情況下，航港局進行文件初審、函送相關單位審查、彙整審查意見等作業時間，原則上可縮短為18日內完成。 航港局指出，為加速申請案審查作業程序，規劃以船、人分離審查原則辦理，船舶可採批次方式辦理直航申請及審查，以因應同一艘遊艇經常性辦理直航申請之情形，核發直航許可期限以相關證書效期為限，許可期間遊艇須於欲航行前向航港局及港口管理單位提出航行及靠泊申請；人員則依內政部移民署之規定每航次進行申請及審查。 航港局表示，透過該作業程序明訂申請所需文件及審查流程，將可縮短申請人準備時間及相關單位審查時間，加速申請案作業流程，提高行政作業效率，以符合市場需求，期能促進離島地區航運發展，並提升離島地區觀光吸引力。