交通部航港局南務航務中心自104年3月1日起，提供商港服務費相關服務，其係依據商港法第12條規定，針對國際港口之進港船舶、國際或國內貨物託運人、離境旅客收取這項費用。 交通部航港局表示，商港服務費服務原委託臺灣港務公司辦理，為使業務收回自辦移轉順利，該中心已於2月12日召開說明會，邀集臺灣港務公司高雄港務分公司、相關船舶運送業、船務代理業、裝卸承攬業業者及公會，說明接回相關事宜，並將與會代表意見納入後續改善之重要參考，以期提供優良的服務品質。 現有商港服務費提供多元繳費管道，包含代收金融機構臨櫃繳納、ACH自動扣款、ATM轉帳、銀行匯款及線上支付，民眾可多加利用，詳情可上網查詢。