交通部航港局於101年3月1日成立，接續港務局時期優良傳統，實施港口國管制檢查，逐步提升其檢查品質，遏阻次標準船，保障海員海上生活環境，確保船舶航行安全暨維護海洋環境免遭不合理之污染。 103年度起鑑於東京備忘錄(Tokyo MOU)針對船舶篩選系統，採取與巴黎備忘錄(Paris MOU)一致性的標準，航港局亦對高風險船舶特別留意篩選，包括船旗國、國際安全管理(ISM)公司、認可組織(RO)或船級協會、留滯次數及缺失數量之審查等，並配合於103年度完成航港單一窗口服務平臺(MTNet)船舶篩選系統，期與國際查核制度接軌。 航港局南部航務中心，自103年1月1日至8月15日，完成各類外籍船舶檢查200艘次，不合格艘次計有177艘次，扣船51艘，無缺失23艘，不合格缺失率88.5%，查驗之績效卓著。 截至目前檢查船舶以雜貨船及散裝船為多，其次為油輪，缺失涵蓋船舶及船員證書、救生及滅火設備、船體結構、船舶載重線、航儀相關設備、船舶污染防止暨船員住艙設備等項。 對於外國商船違反管制檢查規定，情節嚴重，有影響船舶航行、船上人員安全之虞或足以對海洋環境產生嚴重威脅之虞者，航港局得將其留滯至完成改善後，始准航行，以此管制方式徹底淘汰次標準船，以保障海上人命安全及海洋環境。