行政院環境保護署於中華民國96年4月17日公告水污染防治許可證(文件)換發期限及換發方式，內容規定事業或污水下水道系統，應於96年5月1日至98年8月31日期間，向核發機關或地方主管機關申請換發水污染防治許可證（文件），並應於98年12月31日前，取得核發機關或地方主管機關重新核准之相關許可證(文件)。 雲林縣97年度應辦理水污法列管事業廢（污）水排放許可證換證作業畜牧業業者達630家次，截至97年5月底止尚有536家業者尚未進行換證作業，為方便雲林養豬業者配合辦理水污法列管事業廢（污）水排放許可證等相關許可文件審查及換證作業，雲林縣環境保護局於本年度(97)7月及8月至各鄉鎮市公所(農業課)駐點巡迴服務，現場提供相關諮詢、教導業者填寫換證文件並建立外駐收件點，方便雲林養豬業者辦理換證。