交通部航港局表示，由於金廈小三通東渡碼頭施工，航線移轉，為了避免民眾不便，除了加強五通碼頭聯外交通建設、增設公共交通工具外，並自103年4月25日起至12月31日實施優惠票價，降低衝擊。 交通部航港局表示，金廈小三通原有「金門-東渡」及「金門-五通」兩條航線，因陸方對東渡碼頭另有使用規劃，決定4月25日改建施工，為降低東渡碼頭改建施工對乘客之影響，經兩岸協商於東渡碼頭施工期間將「金門-東渡」航線全數移至「金門-五通」航線，並維持現有金廈小三通航線每日36個航班規模。 因「金門-五通」航程僅需25至30分鐘，可增加航線穩定性及提升航程舒適度，並可縮短航班間距，提供尖峰時間每30分鐘1班、離峰時間每小時1班之服務水準，提升服務品質。 為避免航線移轉初期造成民眾之影響，航港局已要求陸方研思對策以降低對民眾帶來不便之衝擊，陸方表示，將加強五通碼頭聯外交通建設、增設公共交通工具等，並自103年4月25日起至12月31日實施優惠票價，針對所有旅客優惠新臺幣100元。