擔心開放第二類電信恐陷國安隱憂，學界發起的「反對服貿協議開放資通訊產業連署」，五天內已有兩百六十四位理工、資科領域學者響應，是台灣有史以來最大規模的一次。 中研院士孔祥重與林長壽更發表聲明指出，呼籲兩岸監督條例能納入國安衝擊評估，台大電機系教授陳良基直指：政府官員也許被某些人蒙蔽了！ 林長壽表示，服貿有安全疑慮的不僅在開放項目，也包含有無做好安全管理的準備；國安不能像馬英九所說施行一、兩年後再補救，到時再補救就來不及了！ 任何協議牽涉到國安都需有整體考量，建議兩岸監督條例的立法能包括事前國安衝擊評估，及條約簽訂後的管理辦法。 專長計算機科學、美國哈佛大學唯一的比爾蓋茲講座教授孔祥重也聲明指出，台灣必須在大型電信服務商奪取市場前，維持能呵護創新的環境，未來如果台灣的二類電信與資訊服務業都變得跟中國一樣，台灣將失去競爭力與網路安全。 另，交大資工系教授林盈達以香港現況說明，中資業者如果掌握台灣資料庫的比例不高，可先用「網路監控」方式取得特定人士隱私，交給國台辦藉此要脅某政治人物做中國想做的事。 一旦掌握比例過半，就會開始進行「網路封殺」，將不讓特定網站出現、刪除不利貼文、鄉民無法串聯等，「逐步把台灣網路變中國化。」 台大副校長暨電機系特聘教授陳良基聲明指出：一般人都相信政府、信任政府，但仔細看電信開放的條文，他覺得政府官員也許被某些人蒙蔽。 光是存取網路服務這一項就是現代年輕人每天二十四小時都離不開的服務，它絕不是某些人講的二十年前的老技術，它是我們的年輕朋友未來生存的命脈。 台科大資工系教授馮輝文表示，要求中國人不得進入機房想法太過天真，偽裝、欺瞞都有可能，豆導不也帶中籍人士上台灣軍艦？ 台大電機系教授林宗男指出，網路的特性就是無遠弗屆，所謂「封閉性網路」只是ＮＣＣ（國家通訊傳播委員會）自己的想像，條文內也沒有任何「封閉性網路」字樣，是ＮＣＣ刻意誤導民眾，而且缺乏實務經驗，一點專業知識都沒有。 對學界的質疑，ＮＣＣ綜合規劃處長王德威表示，該次服貿開放的電信服務，基本上仍是封閉架構，認為台灣開放並無增加資安、個資乃至國安風險。 ＮＣＣ說，資通安全、個資保護等疑慮早就存在，但不能無限上綱，希望焦點鎖定該次開放範圍，溝通大門永遠打開！ 連實務界人士也大感擔憂， 曾擔任知名電信廠商阿爾卡特朗訊台灣區總經理達十六年之久的電信實務界專家曾祥峻指出，數據交換服務涵蓋範圍甚廣，也包含現在最熱門的MPLS VPN服務，並不像官員所說的都是舊技術，一旦開放，確實對國安造成危害。