經濟部責成經濟部加工出口區管理處組成專案小組，針對日月光廢水排放事件進行訪視，並由該處黃文谷處長擔任召集人，主要針對處理流程、現場設備、該廠製程、廢水特性、廢水處理功能、設備操作管理及廢水排放狀況(包含水質及排放路徑)等進行檢視，並將對此次成果提出供訪視報告。 針對姚立明教授於年代新聞面對面節目所稱：「經濟部請了6個專家調查日月光事件，全都是工業、半導體的專業人士，但現在的問題是環保，請這些專家寫什麼報告?」 對此，經濟部加工處表示，有關日月光公司廢水排放處理專案查核小組之委員，主要邀請國立高雄第一科技大學環境與安全衛生工程系、崑山科技大學環境工程系、國立中山大學環境工程研究所及國立台北科技大學環管所、南區督察大隊、工業局及台灣產業服務基金會等，具環保領域專業素養之相關系所教授與機關成員所組成，並已於102年12月16日進行訪視後，相關訪視報告預計於102年12月25正式提出。