為化解事業廢水流入農田之疑慮，落實「灌排分離」政策，臺中加工出口區於101年7月開始推動雨污水分流工程，經過一年的努力施作，區內約4.9公里之污水下水道收集管線已經在102年9月竣工。 103年起將再加碼4億3,580萬元，興建園區綜合污水處理廠，預計106年完工啟用，提供區內事業現代化之污水處理設施及良好生產環境，該舉深獲區內廠商肯定與支持。 據悉，政府制定「灌排分離」政策，臺中農田水利會將於103年底終止事業廢水排注灌溉溝渠之許可，讓臺中加工區內的廠商十分憂慮。 因此，加工處臺中分處為替區內廠商解決困難，於101年斥資4930萬元進行此項工程，明年將於區外施作排放專管，導入區域排水道，幫園區廠商統一解決事業廢水排放問題。 為一勞永逸建構優良污水處理系統，該分處也將在102年至107年斥資4億3580萬元興建園區綜合污水處理廠，以先進的MBR薄膜生物反應污水處理技術，處理後的水質可回收再利用，使用於為植物澆灌、沖廁等用途，塑造永續環保的園區環境，讓臺中加工出口區邁向潔淨示範園區。