2002年及2005年兩度擔任行政院秘書長的李應元，率領5輛遊覽車的農民向行政院陳請，爭取濁水溪南岸莿桐地區原墾戶農民的權益。 抗議民眾在忠孝東路與中山北路口高舉｢還我土地｣等標語，並大呼口號後，行政院請抗議農民推舉代表20人入院遞交陳請書。並由行政院副祕書長簡太郎接見，財政部與內政部相關官員陪同。 李應元表示，雲林縣莿桐鄉在濁水溪南岸新虎尾堤防一帶，有一群農民在國民政府來台之前，就已經數代在該地耕作。現於斗六地政事務所辦理時效取得所有權登記，卻因財政部國有財產署有異議而無法完成。 李應元說，國民政府來台前，這些農民已經在該地耕種，怎麼國民政府一來就變成侵佔國土、因此依情理法，皆應該讓這些農民取得所有權登記，這也就是內政部未表示反對的原因，但卻因財政部不敢做決定，因此而延宕下來。 因此，李應元請行政院做出政策指示，基於體恤該農民於該地已經耕作上百年的事實，並依土地法第54條之規定，儘速讓該農民取得所有權登記，以安定民心。 簡太郎表示，由於過去相關行政作業有缺失，因此這塊土地迄今沒有人有所有權。 將再邀集相關單位，檢討讓原墾農民取得所有權登記的法律問題，若無違法，大家樂觀其成。