台灣四面環海，但遠洋漁業受制於其他國家約束，沿海陸上養殖又面臨地層下陷問題，箱網養殖成了近十多年來的新興行業，以屏東及澎湖地區海鱺魚養殖最熱門，但兩地分別有颱風多及寒害問題干擾，加上入門門檻高，讓箱網養殖業仍無法完全取代陸上養殖。 澎湖沿岸綿延百餘公尺的大陸棚，不利於海洋生物避寒，因此連續兩次寒害，讓澎湖養殖業者損失慘重，尤其養殖發展主力海鱺魚，耐寒度僅十四度，記取教訓的業者，發展出避寒模式，每逢冬季將箱網拖往台灣南部較熱地區飼養；夏季氣溫回暖後，則再送回澎湖養殖，成為近年來變通的養殖法。 恆春半島則有全年水溫穩定的優勢，加上冬季落山風能增加水下溶氧量，讓魚類存活率增加，但颱風季節風險高，莫拉克風災就讓當地箱網業者幾乎全軍覆沒。楊姓業者表示，箱網養殖的進入門檻極高，屬於規模經濟，一個二十人左右團隊，就需管理三十五個左右的箱網，還要配備潛水、設備維護人員，不像陸上魚塭養殖， 只要三、五人就能開始運作。 除了入門難，箱網養殖的魚類價格僅比沿岸養殖略高，以海鱺魚為例，箱網養殖一公斤約兩百八十元，魚塭養殖也有兩百五十元上下，兩者價差有限；加上進口魚類競爭及天然災害頻仍，讓箱網業者這幾年幾乎都在咬牙苦撐。