農業試驗所表示，該所成功開發隧道式堆肥室內發酵技術，可節省人力、提升菇類堆肥品質、縮短近一半的堆肥製作時間與顯著提高20至30%菇類產量，該堆肥固態發酵技術，成功應用在栽培優質的洋菇、紫丁香蘑、巴西蘑菇與雞腿菇等菇類，並已分別取得專利，將技術移轉給國內菇場與生技公司，頗獲技轉菇農與業者的肯定。 農試所說，我國新鮮菇產量達14萬公噸，年產值已超過新台幣88億元，其中多種菇類需以堆肥方式進行栽培，而目前國內傳統堆肥的製作發酵模式不僅耗工，又需鍋爐燃燒燃油生蒸氣作為滅菌之用，所製作堆肥品質參差不齊，不僅產量低，使用所致病蟲害多又容易產生惡臭等污染，因此農業試驗所開發新的發酵方法，以室內環境進行發酵，得到可降低空氣污染、提高堆肥品質、縮短製作時間與穩定產量等之發酵技術。 整套技術主要以室內方式進行發酵，只需2人工即可進行操作，不需燒燃油產生蒸氣作發酵殺菌之用。可人工完全掌控其發酵狀態。比目前的傳統堆肥發酵方法可降低每次堆肥生產費用達3000元，估計可增加菇農產量收益每噸堆肥7000元，以此估算一次五噸的稻草堆肥栽培洋菇可比傳統發酵方式栽培者增加收益近6萬元。 農試所表示，國內每年約有130萬公噸稻草量，可提供草生菇類栽培材料，其栽培區多為平地不會有砍樹引起水土保持與環境生態迫害等問題，又可解決稻草焚燒造成環境污染的公害與碳排放問題。 目前該技術成功利用稻草、蔗渣等大宗農業廢棄物做堆肥材料，不僅應用於栽培洋菇，也可應用在高級菇類紫丁香蘑與雞腿菇的量產，每噸堆肥可生產近175公斤的新鮮紫丁香蘑與190公斤的雞腿菇。 最近農業試驗所更成功開發盤固拉牧草室內堆肥發酵技術，供作巴西蘑菇的栽培，試驗結果發現每噸堆肥可生產132公斤以上鮮菇，比現行的木屑太空包方式產量高出近20%，同時發現在菇體重金屬含量方面，以專屬的盤固拉草堆肥配方製作之堆肥所栽培的巴西蘑菇，完全合乎衛生署之要求，不僅讓生產的菇農有較高的生產量，也讓巴西蘑菇的愛用者與消費者能夠安心與信任，有助於巴西蘑菇產業之發展。