經由臺南市推動河川汙染整治委員會多方努力，南市101年河川水質達10年來最佳，整體嚴重污染河段較10年前共降低116.5公里。環保局表示，預計於112年，全市河川除將軍溪外，均可達到不發臭及無嚴重汙染河段長度之目標。 環保局指出，臺南市將於1月23日召開推動河川汙染整治委員會議，將以治水防洪、水岸營造、汙染削減、文化傳承、低碳永續等5大面向擬定對策，除由環保局持續加強現地稽查管制及農業局持續推動清潔養豬政策外，水利局目前包含施工及規劃中共辦理5處水質淨化場工程，汙水下水道接管率則在107年安平、官田、柳營、仁德、鹽水、永康等系統陸續運轉後，由101年的16.69%提升至30%以上，未來亦將融入觀光遊憩及文創產業，提高民眾親水意願，並重視河川守護與生態保育等議題。 環保局表示，為有效降低農牧廢棄物汙染並轉變成農田施肥所需及生質能利用，賴清德已指示農業局及環保局應針對畜牧廢水進行農田澆灌及設置沼氣回收再利用設施研提相關計畫並確實執行。 此外，為顯示整治河川決心，賴清德亦裁定鹽水溪全河段無嚴重污染目標年由112年提前至109年達成，責成環保局針對關鍵測站豐化橋上游事業加強稽查管制措施，水利局於豐化橋上游設置水質淨化設施，農業局於該區域內優先辦理農牧廢棄物再利用計畫，跨局處聯手提前達成目標。