仁愛高農兼辦之南投縣自然史教育館，101年度營運經教育部評鑑績效卓著，名列特優。該館網頁設有預約導覽、套裝行程預約服務，每週三至週日開館，國定假日休館，歡迎民眾多加參觀利用。 民國八十年台灣省博物館，為提升服務品質，讓該館文物能在台灣各地，分區輪流巡迴展出，擴大其文化傳承與社教功能，有意在全省各地設立分館，經仁愛高農前校長邱明輝積極爭取，同意在國立仁愛高農設立南投自然史教育館。 幾經人事更迭，終於在90年3月正式開館運作。因政府組織編制調整，97年開始，教育館業務轉歸教育部管轄，並委託國立自然科學博物館輔導營運。 全台灣目前共有7座自然史教育館，分別位於宜蘭、台東、南投、嘉義、台南、高雄、屏東，每座館的館藏主題各不相同，皆是在偏遠的鄉下地區。 位於仁愛高農的南投縣自然史教育館，以原住民文物收藏為主，目前約有400件文物收藏。包含服飾、木雕、陶瓷、漁獵用具等。 每半年科博館將不同主題特展巡迴至各館展出，今年度南投館展出賽德克‧巴萊－史與影的交會，排灣族古陶壺特展，目前則是展出福蝶特展。每期特展期間，館方皆安排相關的研習或教育活動。如導覽人員培訓、實地參訪等。 仁愛高農校長沈和成表示，南投館101年於4月間配合賽德克‧巴萊－史與影的交會特展，推出原住民手工藝展演及DIY系列活動，讓遊客親自體驗藤編、皮雕、織布等活動，並設計常態性親子DIY製作小型陶壺，頗受遊客喜愛。 101年10月間完成霧社事件常態展及霧社地區教育發展展示室，結合地方特色及校史，讓參觀民眾能對霧社事件有更深入的瞭解。已逐漸成為團體遊客參訪的重要據點。 100年起，每年結合校內專長師資及科博館資源，辦理自然探索營隊，讓青少年探索自然奧秘。兩天一夜的課程內容囊括樹木識別、星空觀測、賞鳥、咖啡烘焙、編織體驗等，除了提供青少年探索、體驗自然的機會外，更可訓練其獨立自主的精神。 每次營隊的辦理，校內各處室皆動員參與。包含場地準備、課程規劃、手冊編纂等。雖然只是兩天的活動，校內各項準備工作至少要一個月以上的時間。